村民甲與村委會達成協議：村民甲在其宅基地上所建房屋需與他人保持齊平，如果超過他人房屋1厘米，則罰款100元：如果超過5厘米，則應拆除之，并且費用由甲負擔。事后，村民甲所建房屋高出他人房屋40厘米。此時，當事人間之法律關系如何?在該糾紛中，當事人之間是平等的民事主體，相互之間并不存在欺詐、脅迫等情事。此時，建房協議完全出于自愿，只要不存在違反法律的強行性規定和禁止性規定，則按照合同法的精神，應當盡量維持合同的效力，以保證合同的完滿實現，達成當事人訂立合同的目標。

這里，村民甲是否已經成功申請該宅基地是否會影響合同的效力，值得探討。

一、如果甲已經取得該宅基地的使用權，則按照《物權法》第一百五十二條的規定：“宅基地使用權人依法對集體所有的土地享有占有和使用的權利，有權依法利用該土地建造住宅及其附屬設施”。這是法律對甲所擁有的權利做出的肯定，此時在該宅基地上建造房屋的權利是甲不可剝奪的權利，其性質是物權，與當事人之間的約定具有債權的性質迥然有別。甲與村委會之間的協議性質為債權合同，其約定的內容是對甲的建房行為進行一定的限制，這種約定出于甲的自愿，甲自愿接受這種協議對自己的物權所做出的限制，并不違反任何強行性規定或者禁止性規定，故而約定有效。

二、如果甲尚未取得該宅基地的使用權，甲與村委會同樣可以簽訂如上內容的協議，因為該協議的履行自然要求甲已經取得宅基地，如此，甲方有權利建房。但是在本案中房屋已然建起，甲存在一定的違法行為，因為其在該建房之地基上缺少建房的權源基礎，屬于無權建房，并侵犯了村集體或者農民集體對該土地的所有權。此時的處理需要考慮具體的因素，因為房屋已經建起，不加斟酌直接拆除的做法未免過于擅斷，村民投入其中的經濟利益應當予以適當的考慮，防止造成不應有的損失。具體來看，如果甲雖然尚未取得宅基地使用權，但如果宅基地使用權正在申請的過程中，或者雖未申請，但甲正著手申請，并且甲完全符合批準宅基地的條件和村鎮的建筑規劃，此時則不應糾纏于其宅基地的使用權，而應認可其建房行為，因為按照預期其能夠取得該宅基地使用權。如果甲不符合申請宅基地的條件，則甲的行為已然構成侵權行為，甲與村委會之間的這個協議并不能改變其行為的性質。

在該協議有效的情況下，雙方約定：“如果超過他人房屋1厘米，則罰款100元：如果超過5厘米，則應拆除之，并且費用由甲負擔”。該性質為何?根據約定，使用的詞語是“罰款”，其效力又如何?按照現行法律的規定，并未發現獨立的村委會這種民事主體，但是，按照法理和法律規定，村委會作為一個機構行村民自治之權，在與村民的關系中能夠獨立參與其中，值得注意的是，其與村民之間仍然是平等關系，并不存在行政上的管理，不存在行政法律關系。這決定了村委會并不具備罰款的權力。既然無此權力，是否該約定無效?筆者以為，這要探求當事人內心之真實想法，此處的真意應是一種對甲的違反約定的行為帶有懲罰性質的賠償，以促使甲遵守約定建房。此處的約定當屬違約金，也就是說，雖然當事人約定的為“罰款”，但其實質是違約金。從實質的角度認定“罰款”的性質，可以認清“罰款”的本來面目和該合同的真實內容。