《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于運輸費用和廢舊物資準(zhǔn)予抵扣進項稅額問題的通知》(財稅字[1994]012號)規(guī)定：對增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產(chǎn)除外)所支付的運輸費用，根據(jù)運費結(jié)算單據(jù)(普通發(fā)票)所列運費金額依10%的扣除率計算進項稅額準(zhǔn)予扣除，但隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得計算扣除進項稅額。

《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅幾個稅收政策問題的通知》(財稅字[1994]60號)規(guī)定：增值稅一般納稅人1994年5月1日以后銷售應(yīng)稅貨物而支付的運輸費用，除《增值稅暫行條例實施細(xì)則》第12條所規(guī)定的不并入銷售額的代墊運費以外，可按《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于運輸費用和廢舊物資準(zhǔn)予抵扣進項稅額問題的通知》中有關(guān)規(guī)定，依10%的扣除率計算進項稅額予以抵扣。納稅人購買或銷售免稅貨物所發(fā)生的運輸費用，不得計算進項稅額抵扣。

《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整增值稅運輸費用扣除率的通知》(財稅字[1998]114號)規(guī)定：經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，從1998年7月1日起，將增值稅一般納稅人購進或銷售應(yīng)稅貨物支付的運輸費用的扣除率由10%降低為7%.凡1998年7月1日以后申報抵扣的運輸費用進項稅額，不論運輸發(fā)票何時開具，其所注明的運輸費用是否已經(jīng)支付，均按7%的扣除率計算進項稅額。

上述三個文件明確了一般納稅人所發(fā)生的運費，應(yīng)為外購貨物(固定資產(chǎn)和免稅貨物除外)和銷售應(yīng)稅貨物所發(fā)生的運費，才可用于增值稅進項稅抵扣。

二、取得規(guī)定的運費單證并且按規(guī)定的范圍才可用于增值稅進項稅抵扣

(一)總體要求

《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈增值稅問題解答(之一)〉的通知》(國稅函發(fā)[1995]288號)第1條規(guī)定：1.增值稅一般納稅人外購貨物(固定資產(chǎn)除外)所支付的運輸費用，準(zhǔn)予抵扣的運費結(jié)算單據(jù)(普通發(fā)票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸?shù)姆菄羞\輸單位開具的套印全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的貨票。2.準(zhǔn)予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設(shè)基金，不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費。第2條：增值稅一般納稅人采取郵寄方式銷售、購買貨物所支付的郵寄費，不允許計算進項稅額抵扣。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強增值稅征收管理若干問題的通知》(國稅發(fā)[1995]192號)規(guī)定：1.準(zhǔn)予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票種類。根據(jù)規(guī)定，增值稅一般納稅人外購和銷售貨物(固定資產(chǎn)除外)所支付的運輸費用，準(zhǔn)予抵扣的運費結(jié)算單據(jù)(普通發(fā)票)，是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸?shù)姆菄羞\輸單位開具的套印全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的貨票。準(zhǔn)予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。2.準(zhǔn)予計算進項稅額扣除的貨運發(fā)票，其發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達(dá)地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運輸單位、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發(fā)票上所列的有關(guān)項目必須相符，否則不予抵扣。3.納稅人購進、銷售貨物所支付的運輸費用明顯偏高、經(jīng)過審查不合理的，不予抵扣運輸費用。

(二)管道運輸

《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅若干征管問題的通知》(國稅發(fā)[1996]155號)規(guī)定：增值稅一般納稅人外購和銷售貨物(固定資產(chǎn)除外)所支付的管道運輸費用，可以根據(jù)套印有全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的運輸費用結(jié)算單據(jù)(普通發(fā)票)所列運費金額，按10%計算進項稅額抵扣。(注：從1998年7月1日起，扣除率由10%降低為7%.)(三)鐵路運輸。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于鐵路運費進項稅額抵扣有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)[2000]14號)規(guī)定：增值稅一般納稅人購進或銷售貨物(固定資產(chǎn)除外)所支付的鐵路運輸費用，準(zhǔn)予抵扣的范圍限于鐵路運輸部門開具的貨票上注明的以下項目：運輸運營費用(即發(fā)到運費和運行運費);鐵路建設(shè)基金;臨管鐵路運費(包括：**煤運費、**煤運費、**煤運費、豐沙大煤運費、京九分流加價、太古嵐加價、京九運費、大沙運費、侯月運費、**運費、**運費、**運費、**運費、塔-韓運費、北侖運費)。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于合九鐵路運費抵扣進項稅額問題的批復(fù)》(國稅函[2000]1037號)規(guī)定：合九鐵路運輸費用中的“鐵路貨物運費”和“代收國鐵運費”，其性質(zhì)與《國家稅務(wù)總關(guān)于鐵路運費進項稅額抵扣有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)[2000]14號)中列舉的準(zhǔn)予抵扣的運費項目相同。因此，對合九鐵路的上述兩項鐵路運費，可列入增值稅的進項稅額予以抵扣。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于鐵路運費進項稅額抵扣有關(guān)問題的補充通知》(國稅函[2003]970號)規(guī)定：(一)除《國家稅務(wù)總局關(guān)于鐵路運費進項稅額抵扣有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)[2000]14號)中規(guī)定的抵扣項目外，對鐵路運輸部門開具新增的北疆線、西康線、上鉛線、內(nèi)六線、福前線、塔十線、廣深線、南疆線貨票運費，允許按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。(二)中國鐵-路包裹快運公司(簡稱**快運)為客戶提供運輸勞務(wù)，屬于鐵路運輸企業(yè)。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵-路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包干費、超重費、到付運費和轉(zhuǎn)運費，可按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。

(四)公路、內(nèi)河運輸。對于公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)的運輸發(fā)票抵扣管理，《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題的通知》(國稅發(fā)明電[2003]55號)規(guī)定：1.增值稅一般納稅人取得稅務(wù)機關(guān)認(rèn)定為自開票納稅人的聯(lián)運單位和物流單位開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票準(zhǔn)予計算抵扣進項稅額。2.準(zhǔn)予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨票上注明的運費、建設(shè)基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運輸費用，裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發(fā)票應(yīng)當(dāng)分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于使用公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關(guān)問題的通知》(國稅函[2004]557號)規(guī)定：從2004年7月1日起，統(tǒng)一使用公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票(以下簡稱《貨運發(fā)票》)。凡在中華人民共和國境內(nèi)提供公路、內(nèi)河貨物運輸勞務(wù)的單位和個人，在結(jié)算運輸勞務(wù)費用，收取運費時，必須開具《貨運發(fā)票》。《貨運發(fā)票》按使用對象不同分為“公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票(以下簡稱自開發(fā)票)”和“公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票(代開)(以下簡稱代開發(fā)票)”兩種。自開發(fā)票由自開票納稅人領(lǐng)購和開具;代開發(fā)票由代開單位領(lǐng)購和開具;代開發(fā)票由稅務(wù)機關(guān)代開時，稅務(wù)機關(guān)為代開單位;代開票納稅人應(yīng)當(dāng)?shù)蕉悇?wù)機關(guān)指定的代開單位辦理代開發(fā)票事宜。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)新版《全國聯(lián)運行業(yè)貨運統(tǒng)一發(fā)票》式樣的通知》(國稅函[2004]1033號)規(guī)定：新版《聯(lián)運發(fā)票》的啟用時間。各地收到本通知后，即可啟用新版《聯(lián)運發(fā)票》，舊版《聯(lián)運發(fā)票》2004年10月30日起停止使用。

因此，一般納稅人所發(fā)生的公路、內(nèi)河運費，應(yīng)取得上述《貨運發(fā)票》和《聯(lián)運發(fā)票》，才可用于增值稅進項抵扣。

三、申請運費抵扣的時限和程序

對于公路、內(nèi)河貨物運輸業(yè)的運輸發(fā)票申請抵扣時限，《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》(國稅發(fā)[2004]88號)規(guī)定：增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開具日90天后的第一個納稅申報期結(jié)束以前申報抵扣。

增值稅一般納稅人在2004年3月1日以后取得的貨物運輸業(yè)發(fā)票，必須按照《增值稅運費發(fā)票抵扣清單》的要求填寫全部內(nèi)容，對填寫內(nèi)容不全的不得予以抵扣進項稅額。

《國家稅務(wù)總局關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理的通知》(國稅發(fā)[2003]121號)中附件2《運輸發(fā)票增值稅抵扣管理試行辦法》第4條規(guī)定：納稅人取得所有需計算抵扣增值。