著作權(quán)保護與商業(yè)秘密保護在某些方面存在共同點，具有密切的聯(lián)系;在有些方面兩種保護方式之間的界限也比較模糊。這兩種保護方式存在本質(zhì)上的差異。主要表現(xiàn)在：

(1)保護對象不同。

根據(jù)我國《反不正當競爭法》，商業(yè)秘密的保護對象包括技術(shù)信息和經(jīng)營信息兩類。其中技術(shù)信息不僅包括有關(guān)設計、程序、產(chǎn)品配方、制作工藝、制作方法等完整的技術(shù)方案，還包括開發(fā)過程中的階段性技術(shù)成果、取得的有價值的技術(shù)數(shù)據(jù)、針對技術(shù)問題的技術(shù)訣竅，以及技術(shù)中的思想內(nèi)容。經(jīng)營信息主要包括：經(jīng)營策略、管理訣竅、客戶名單、貨源情報、產(chǎn)銷策略、招投標中的標底及標書內(nèi)容等信息。

著作權(quán)法只保護作品以及作品的表達形式。我國著作權(quán)法所稱作品，是指文學、藝術(shù)和科學領(lǐng)域內(nèi)，具有獨創(chuàng)性并能以某種有形形式復制的智力創(chuàng)作成果。

(2)構(gòu)成要件不同。

根據(jù)我國《反不正當競爭法》，商業(yè)秘密有三個構(gòu)成要件，分別為不為公眾所知悉;能給權(quán)利人帶來經(jīng)濟利益，具有實用性;以及經(jīng)權(quán)利人采取了保護措施。而根據(jù)我國《中華人民共和國著作權(quán)法實施條例》，著作權(quán)法所稱作品，是指文學、藝術(shù)和科學領(lǐng)域內(nèi)，具有獨創(chuàng)性并能以某種有形形式復制的智力創(chuàng)作成果。其應當具備如下幾方面的條件：首先，作品應當是思想或感情的表現(xiàn)。其次，作品應當具有獨創(chuàng)性或原創(chuàng)性。

(3)保護的期限不同。

我國基本法律并未明確規(guī)定商業(yè)秘密的保密期限。一般根據(jù)《合同法》的誠實信用原則和勞動者對單位的忠實義務，只要該項商業(yè)秘密未被公開，仍屬于法律意義上的商業(yè)秘密，則知悉該商業(yè)秘密的單位和個人就應當繼續(xù)履行保密義務，直到該項商業(yè)秘密公開為止，即當事人保密義務的期限與商業(yè)秘密的存續(xù)期限相同。但當事人另有約定的，依約定。一些地方性法規(guī)和司法文件也對該問題作出了大同小異的規(guī)定。主要包括如下幾種規(guī)定：直接規(guī)定保密義務的期限與商業(yè)秘密存續(xù)的期限相同。如：《江蘇省高級人民法院關(guān)于審理商業(yè)秘密案件有關(guān)問題的意見》(蘇高法審委[2004]第3號)第十四條;原則上規(guī)定保密期限為技術(shù)秘密的存續(xù)期，但當事人另有約定的依約定。如《深圳經(jīng)濟特區(qū)企業(yè)技術(shù)秘密保護條例》第十九條;規(guī)定保密期限由當事人自行約定，沒有約定或約定不明確的，保密期限為10年。

《中華人民共和國著作權(quán)法》對不同的著作權(quán)權(quán)利的保護期限作了詳細規(guī)定。《著作權(quán)法》第二十條規(guī)定，作者的署名權(quán)、修改權(quán)、保護作品完整權(quán)的保護期不受限制。第二十一條規(guī)定，公民的作品，其發(fā)表權(quán)、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規(guī)定的權(quán)利的保護期為作者終生及其死亡后五十年，截止于作者死亡后第五十年的12月31日;如果是合作作品，截止于最后死亡的作者死亡后第五十年的12月31日。法人或者其他組織的作品、著作權(quán)(署名權(quán)除外)由法人或者其他組織享有的職務作品，其發(fā)表權(quán)、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規(guī)定的權(quán)利的保護期為五十年，截止于作品首次發(fā)表后第五十年的12月31日，但作品自創(chuàng)作完成后五十年內(nèi)未發(fā)表的，本法不再保護。電影作品和以類似攝制電影的方法創(chuàng)作的作品、攝影作品，其發(fā)表權(quán)、本法第十條第一款第(五)項至第(十七)項規(guī)定的權(quán)利的保護期為五十年，截止于作品首次發(fā)表后第五十年的12月31日，但作品自創(chuàng)作完成后五十年內(nèi)未發(fā)表的，本法不再保護。

(4)保護的方式不同。

商業(yè)秘密權(quán)利人主要通過自行采取保密措施保護商業(yè)秘密。例如：訂立保密協(xié)議、制定保密制度、進行保密培訓、給商業(yè)秘密劃定密級和明確標識、設置秘密工作區(qū)域、配置專門存儲和傳輸商業(yè)秘密的電腦打印機等等。而著作權(quán)是依據(jù)著作權(quán)法的直接規(guī)定獲得的，作品一經(jīng)完成，只要符合法律規(guī)定的作品的條件，即可獲得著作權(quán)，而不管該作品是否發(fā)表。我國《著作權(quán)法》第二條規(guī)定，中國公民、法人或者其他組織的作品，不論是否發(fā)表，都依照本法享有著作權(quán)。

盡管著作權(quán)保護與商業(yè)秘密保護存在許多差異點，但我們?nèi)圆荒芎鲆晝煞N保護方式間的聯(lián)系。作者或者說商業(yè)秘密所有人應首先認真分析其所有的作品或者說商業(yè)秘密的特點，再決定采用何種保護方式。也可以使兩種保護方式結(jié)合使用，充分利用各保護方式的長處，同時利用不同的保護方式來彌補各保護方式本身的不足，從而達到保護的最佳效果。

通過上述分析可以看出，著作權(quán)保護與商業(yè)秘密保護都屬于知識產(chǎn)權(quán)保護的范疇，都是保護無形的財產(chǎn)。有些信息既滿足作品的條件，又滿足商業(yè)秘密的條件，企業(yè)可以綜合考慮各種因素后，選擇更適宜的保護方式。兩種保護方式在一定程度上正好形成互補關(guān)系。緣此，對于一些特殊的信息，可以對信息進行肢解，然后根據(jù)各肢解部分的特點，選擇合適的保護方式，使兩種保護方式在一項信息上結(jié)合使用、互補優(yōu)缺，以求達到保護的最佳效果。