1、遵循公平原則，兼顧雙方的利益。我國《勞動法》第22條規定：勞動合同當事人可以在勞動合同中約定保守用人單位商業秘密的有關事項，這是勞動領域中訂立保密協議的法律依據?！逗贤ā返?條規定：當事人應當遵循公平原則確定各方的權利和義務。保密協議跟其他協議一樣，首先必須遵循公平、平等的原則，才具有法律效力。

2、明確保密范圍。不同的企業和同一企業的不同時期，所持的商業秘密是不一樣的，在約定保密內容時，務必把需要保密的對象、范圍、內容和期限等明確下來。此外，當商業秘密具有企業無形資產和職工個人勞動成果雙重性質時，例如廣告公司策劃人員的創意工作、IT公司技術人員完成的編程、數據庫等，應當特別注意明確其性質屬于個人著作權還是公司商業秘密？當事人是否要承擔保密義務。

3、明確保密主體和保密義務期限。除保密崗位和技術崗位這兩種涉密崗位以外，一般員工（包括不承擔保密義務的人員）在工作中有意或無意獲悉公司的商業秘密時，也應該列入保密主體的范圍，承擔保密責任；掌握了商業秘密的員工的家屬、朋友，對保守商業秘密也應該履行同等義務。

雖然法律規定，保守公司商業秘密的義務不因勞動合同的解除、終止而免除，但由于商業秘密存在過期、被公開或被淘汰的情況，因此最好還是約定保密義務的起止時間。此外，保密主體在用人單位授權、司法調查或用于個人學習研究等特殊情況下使用商業秘密的，均可不視為違約。

4、采取競業限制、脫密期保護等特殊方式操作時應當規范。競業限制一般表現為，要求在職職工不得到同類企業兼職、離職后未經同意不得到原企業競爭對手處任職、不得自行組建同類企業參與競爭、不得唆使原單位的其他員工接受外界聘用、不為企業競爭對手提供咨詢、建議服務等。參照原勞動部《關于企業職工流動若干問題的通知》、國家科委《關于加強科技人員流動中技術秘密管理的若干意見》，競業限制的時間一般不得超過3年。用人單位還必須支付一定數額的經濟補償，一般不得少于該員工離開企業前最后一個年度從該企業獲得的報酬總額的2/3.

約定脫密期的適用對象一般只限于掌握企業重要商業秘密的技術人員和管理人員。用人單位可采取調換崗位、變更勞動合同內容等措施，對有關人員做脫密處理。但在時間問題上，應當參照《關于企業職工流動若干問題的通知》等規定，一般不得超過勞動合同解除或終止前6個月。

5、明確違約的情形及法律責任。違約金數額一般不超過職工所知悉的公司商業秘密的許可使用價格；職工違反競業限制條款的，違約金一般不超過補償費的1至2倍。

對于侵犯商業秘密的行為，原勞動部《違反〈勞動法〉有關勞動合同規定的賠償辦法》規定，職工違反保密協議造成用人單位損失的，應當按《反不正當競爭法》第20條的規定支付用人單位賠償費用。以上規定僅適用于保密協議沒有明確違約責任的情況。若其他用人單位與員工共同對原用人單位造成損失的，可同時要求該單位承擔連帶賠償責任，其份額一般不低于賠償總額的70%.此外，我國民法、刑法也規定了相關的救濟途徑，在此不再贅述。