股權協議中的法律關系主要有三種：第一種是實際股東與名義股東之間的法律關系，第二種是實際股東、名義股東與公司之間的法律關系，三是實際股東、名義股東與公司外第三人的關系。第一種關系只涉及兩個人，屬于屬人法的范疇。因此，如果二者存在爭議，只要能夠證明二者之間存在關系，實際股東的出資至少應從債權的角度予以確認。但問題是，對于實際股東而言，股權往往比資產生成所產生的債權更為重要。在實際股東請求確認股東身份的問題上，有人認為應將其視為股權持有合同的約定。如果合同中明確規定實際股東為真實股東，享有股東權益，并承擔相應的股東義務和責任，則應認定實際股東為真實股東。但筆者認為，雖然實際股東與名義股東之間的關系是基于對公司穩定性的綜合考慮，但第二種法律關系的考慮是不可避免的，實際股東隱瞞身份，名義股東按照實際股東的意愿行使股東權利的，在公司和公司其他股東不知道實際股東權利的情況下，為維護公司法律關系的穩定，保護其他股東的利益，不鼓勵對實際股東身份的確認。如果實際股東通過名義股東匿名，但公司和其他股東知道實際股東的存在，實際股東直接行使股東權利，承擔股東責任。本案中，公司因其他股東知情而喪失了維護公司穩定的抗辯權，實際股東以股東身份參與公司事務后，公司不得否認實際股東的人格，但也應從維護公司穩定的角度，承認實際股東為真正的股東。由于我國尚未納入“代理”或“持股”的概念，法院在處理類似糾紛時應要求公司將實際股東變更為注冊股東。在第三種法律關系中，保護物權人與善意第三人是一對矛盾。在這個信息紛繁復雜的世界里，交易者幾乎不可能在公司登記之外發掘隱名股東，這不利于交易安全的保護。因此，現代民法理論確立了善意取得、善意第三人保護、表見代理等民法基本原則。因此，名義股東擅自轉讓股權時，實際股東無權以名義股東未經其同意為由進行抗辯。同樣，名義股東因虛假出資或者其他原因被要求承擔股東責任時，無權以其不是實際股東為由進行抗辯。另外，第三人有正當理由不知道工商登記的內容，以實際股東為股東時，實際股東首先不得以非登記股東為理由進行抗辯，代理人和代理人需要知道被投資公司所從事的行業是否有主體資格限制。例如，根據我國外商投資企業行業規定，部分行業限制外商投資，外商投資受限制行業必須經審批機關批準；還有一些行業禁止外國投資者投資，外國投資者對這些行業的投資不受任何法律保護。在這種情況下，如果被投資公司所在行業對投資者主體資格有限制，代理人和代理人通過簽訂持股協議規避法律的強制性規定，達到曲線投資的目的，這種協議將因違反法律規定而失效。當雙方發生糾紛時，合同約定的代理人的權益不受法律保護

其次，應當在合同中明確約定代理人和代理人的權益。在許多情況下，代理人與被持有人之間通過書面協議約定雙方的權利義務不明確，導致糾紛發生時股權歸屬不清。簽訂協議，明確股權歸屬，確定雙方的權利和義務，將大大降低此類風險

在實踐中，代理持票人未經代理持票人同意將股權轉讓給第三人的情況時有發生。如果第三人是善意受讓人，例如第三人不知道代理人與代理人的關系，第三人以合理的價格轉讓股權，第三人將實際取得股權。為了防止這種情況的發生，代理人一方面需要及時了解代持情況，另一方面可以提前采取一些防范措施，比如提前辦理股權轉讓手續。根據《公司法》的規定，“公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定?！?。這意味著股東可以在公司章程中對股權轉讓作出其他限制。因此，可以認為公司章程中轉讓股權的股東應當事先通知公司，否則股權轉讓無效或者公司有權申請注銷。這樣，在公司控制下，如果代理人未經代理人同意將股權轉讓給第三人，代理人可以事先了解股權轉讓情況，然后采取措施保護自己的權益。否則，持有人有權向法院提起訴訟，確認股權轉讓無效或申請撤銷股權轉讓，以保護自己的權益