依據《商標法》第五十三條和《商標法實施細則》第四十三條規定，侵犯商標專用權的行為由工商行政管理機關和人民法院處理。

任何人都可以向侵權人所在地或侵權行為地的縣級以上工商行政管理機關控告或檢舉。一般侵權案件由縣級工商行政管理部門查處，涉外案或大案由地級或省級工商行政管理機關處理。侵權人所在地，是指侵權人住所、居所所在地或侵權人單位所在地;侵權行為地，指侵權人實施侵權行為所在地。

對工商行政管理機關處理不服的可以向人民法院起訴。被侵權人也可以直接向人民法院起訴。對于商標侵權的地域管轄，我國商標法沒有明確規定。但《民事訴訟法》第二十九條規定，因侵權行為提起的訴訟，由侵權行為地或被告住所地人民法院管轄。當事人因不服工商行政管理機關的處理而人民法院起訴的，根據《行政訴訟法》第十七條規定，行政案件由最初做出具體行政行為的行政機關所在地人民法院管轄，經復議的案件，也可由復議機關所在地人民法院管轄。

工商行政管理機關和法院在處理商標侵權案件時有所不同，主要表現如下。

1)要求處理的當事人不同按照《商標法》第五十三條和《商標法實施細則》第四十二條之規定，任何人都可以向工商行政管理機關控告或檢舉商標侵權行為，既可以是被侵權人，也可以是被侵權人以外的其他人。而請求人民法院處理商標侵權案件的當事人，必須是被侵權人。法院不受理其他人的起訴。當然消費者也可以根據《消費者權益保障法》向人民法院起訴，但這時涉及的是經營者對消費者權益的侵害，而不是商標侵權引出的法律關系。

2)對被告要求不同工商行政管理機關在受理商標侵權案件時，只要求提供侵權事實存在，被告不一定十分明確;而人民法院要求被侵權人起訴時，必須提供明確的被告，否則不予受理。

3)受理原則不同工商行政管理機關從保護消費者利益、制止不正當競爭、維護社會正常經濟秩序出發，即使無人控告、檢舉，也要“主動查處”商標侵權行為。人民法院則實行“不告不理”的原則。沒有被侵權人起訴，人民法院不處理商標侵權案件。

2.商標侵權的行政處罰

對于侵犯注冊商標專用權的，依據《商標法》第五十三條、《商標法實施細則》第四十三條規定，工商行政管理機關可以采取下列措施給以處罰。

(1)責令停止侵權

具體措施如下：

①責令立即停止銷售;

②沒收、銷毀侵權商品;

③沒收、銷毀專門用于制造侵權商品、偽造注冊商標標識的工具。

(2)處以罰款

對侵犯注冊商標專用權但尚未構成犯罪的，工商行政管理機關可以根據情節處以非法經營額50%以下或侵權所獲利潤五倍以下的罰款;對侵權單位的直接責任人員，可根據情節處以1萬元以下罰款。

對以上兩項處理不服的，當事人可以收到通知之日起15天內依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院起訴。逾期不起訴又不履行的，由工商管理機關申請人民法院強制執行。

(3)就侵犯商標專用權的賠償數額進行調解

進行處理的工商行政管理部門根據當事人的請求，可就侵犯商標專用權的賠償數額進行調解，調解不成的，當事人可依法向人民法院起訴。

3.商標侵權的民事責任

根據《民法通則》第一百一十八條規定，商標權遭受侵害的，有權要求停止侵害、消除影響、賠償損失。根據《商標法》第五十三條規定，被侵權人可以要求侵權人立即停止侵權行為，賠償損失。其中，侵權賠償額為侵權人在侵權期間所獲得的利益，或者被侵權人在被侵權期間因被侵權所受到的損失，包括被侵權人為制止侵權行為所支付的合理開支。如果前二者都難以確定，由人民法院根據侵權行為的情節判決給予50萬元以下的賠償。商標注冊人或利害關系人有證據證明他人正在實施或者即將實施侵犯其注冊商標專用權的行為，如不及時制止，將會使其合法權益受到難以彌補的損害的，可以在起訴前向人民法院申請采取責令停止有關行為和財產保全的措施。