《工作指引》規定，2007年底前國家高新技術產業開發區(包括北京市新技術產業開發試驗區)內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例等有關規定享受企業所得稅優惠政策。企業亦可在資格到期后申請重新認定，但在重新認定期間只能執行25%稅率。

根據《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》(國發〔2007〕39號)規定，2008年1月1日起，2007年3月16日以前經工商等登記管理機關登記設立的企業，原享受企業所得稅“兩免三減半”、“五免五減半”等定期減免稅優惠的企業，可以享受過渡優惠政策，即繼續按原稅收法律、行政法規及相關文件規定的優惠辦法及年限享受至期滿為止，但因未獲利而尚未享受稅收優惠的，其優惠期限從2008年度起計算。

例如，2006年設立在北京新技術產業開發試驗區的某企業，如果其在2007年底前已經取得高新技術企業資格，并且該資格在過渡期內始終有效。企業在過渡期內是否需要重新認定方可繼續享受過渡優惠，目前有兩種觀點：

一種觀點認為，該企業的高新資格在過渡期內有效，國發〔2007〕39號文件規定，該企業可享受稅收優惠至過渡期滿，不需要重新認定。如果企業在原新技術企業資格期滿之后未能重新獲得高新資格認定，那么即使在過渡期內，該企業也應適用25%的企業所得稅稅率。

另一種觀點認為，即使企業在過渡期內仍處于39號文件所說的減免稅期及同時也在原有高新企業資格有效期內，也應及時辦理重新認定后方能繼續享受39號文件中所說的減免稅優惠政策。

筆者更傾向于第二觀點。企業過渡期內的各項指標符合《認定辦法》規定的標準是企業繼續享受過渡期優惠政策的前提，《工作指引》的前言中也強調，“2007年底前國家高新技術產業開發區內、外已按原認定辦法認定的仍在有效期內的高新技術企業資格依然有效，但在按《認定辦法》和《工作指引》重新認定合格后方可依照《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例等有關規定享受企業所得稅優惠政策。”企業如何正確理解和操作，還需等待總局相關文件明確。

另外，國發〔2007〕40號規定，2008年1月1日(含)之后完成登記注冊在深圳、珠海、汕頭、廈門和海南經濟特區上海浦東新區內在的國家需要重點扶持的高新技術企業，在經濟特區和上海浦東新區內取得的所得，自取得第一筆生產經營收入所屬納稅年度起，可享受“兩免三減半”(25%的減半)的優惠稅率的優惠政策。

目前的問題是，由于〈辦法〉規定高新技術企業為在中國境內(不包括港、澳、臺地區)注冊1年以上的居民企業，因此，如果企業在2008年取得第一筆收入，由于其成立未滿1年，2008年無法認定為高新企業，若2009年被認定為高新企業，但企業也只能在2009年享受最后一年的免稅政策。

根據國家知識產權局在2006年統計數據顯示，我國99%的企業沒有申請知識產權，申請了知識產權的企業只有0.17%有發明專利。因此，中國目前很多企業并不擁有核心自主知識產權。辦法規定，企業與他人簽訂5年以上的在全球范圍內獨占該項許可權利的方式取得知識產權的獨占許可，可以達到認定需要的條件。值得注意的是，由于代表企業核心競爭力的核心技術和發明專利幾乎被國外企業壟斷，申請者要取得全球范圍內的獨占許可權當前具有一定的困難，一些此前打擦邊球的企業將失去高新技術企業的資格。

需要注意的是，企業擁有自主知識產權，是以取得版權或者著作權證書為準。而且“近3年”是指申報當年以前的連續3年(不含申報當年)用于的知識產權，即2008年申請的企業知識產權必須是2007年，2006年，2005年取得的，2008年取得的證書不計算在內，而只能等到2009年申請時計入。

《認定辦法》和《工作指引》對符合條件的研究開發費用范圍進行了界定與列舉。企業應按照財企〔2007〕194號《關于企業加強研發費用財務管理的若干意見》規定進行研發費用的歸集，同時按照辦法及指引中所確定的研發費用的硬性指標，做好研發費用的預算和規劃。具體應重點關注下面四個指標：

1.近三個會計年度的研究開發費用總額占銷售收入總額的比例符合如下要求：

A.最近一年銷售收入小于5000萬元的企業，比例不低于6%;

B.最近一年銷售收入在5000萬元~20000萬元的企業，比例不低于4%;

C.最近一年銷售收入在20000萬元以上的企業，比例不低于3%。

2.企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%。

3.只認定企業委托外部研究開發費用的80%。委托外部研發費用包括委托境內機構和境外機構的發生的費用。企業應注意，只認定其發生額的80%，同時此項目成果必須為企業所擁有，且與企業的主要經營業務緊密相關(可以通過委托方與受托方簽訂的協議以及企業高新技術產品或技術服務來判定)。

4.企業在研發活動中發生的其他費用，如辦公費、差旅費、通信費、專利申請維護費、高新科技研發保險費等，實際上也就是研發過程中發生的間接費用。一般不得超過研究開發總費用的10%。

根據上述規定，企業有必要建立一個完善的會計核算體系或者改進現有的會計核算系統，以便能夠準確記錄并按項目、類型對研發費用進行歸集，以符合辦法和《工作指引》的要求。另外，今后研發費的歸集最好單獨設立科目，便于將來審計。