(一)本罪與非罪的界限其關鍵要查清行為人是否有主觀罪過，是否實施了違反交通運輸管理法規(guī)，違反交通運輸管理法規(guī)的行為與重大交通事故另否具有因果關系等。倘若沒有違法行為或者雖有違法行為但沒有因果關系，如事故發(fā)生純屬被害人不遵守交通規(guī)則，亂穿馬路筆造成，或由自然因素，如山崩、地裂、風暴、洪水等造成，則就不應以本罪論處。當然，事故發(fā)生并不排除可能存在多種原因或有其他介入因素，這里就更應該認真分析原因及其介入行為對交通事故發(fā)生的作用。只有查清確實與行為人的違規(guī)行為具有因果關系，則才可能以本罪論處，否則，就不應以該罪治罪而追究刑事責任。例如，行為人高速超車后突然發(fā)現(xiàn)前方幾十米處有人穿越馬路，便打方向盤試圖避開行人，但出于車速過快，致使車沖入人行道而將他人壓成重傷。此時，行人穿越馬路作為介入因素僅是發(fā)生本案的條件，肇事的真正原因則是違章超速行車，因此應當認定行為與結果具有因果關系從而可以構成本罪。

(二)本罪與過失損壞交通工具罪、過失損壞交通設施罪的界限交通肇事罪與過失破壞交通工具罪、過失損壞交通設施罪，在主觀方面都出于過失;在客觀方面，都造成了致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的嚴重后果，危害了公共安全。但它們是不同性質的犯罪，應嚴格劃清它們之間的界限。它們之間的主要區(qū)別是：

(1)前者的主體主要是從事交通運輸?shù)娜藛T，雖然非交通運輸人員也可構成該罪主體，但他們也必須是在操縱交通工具、交通設備，與交通運輸人員不同的，僅是他們不具有交通運輸人員身份;后者的主體為一般主體。

(2)前者發(fā)生在交通運輸活動過程中，嚴重后果是由于在交通運輸活動過程中違反規(guī)章制度引起的;后者的發(fā)生與交通運輸活動無關，嚴重后果是由于行為人在交通運輸活動以外的日常生產、生活中馬虎草率、粗枝大葉，不細心謹慎引起的。

(三)本罪與利用交通工具故意殺人、故意傷害的界限兩者都會出現(xiàn)致人重傷、死亡的危害后果，但交通肇事罪中行為人對于致人重傷、死亡的危害結果的發(fā)生，表現(xiàn)為過失的心理態(tài)度;而利用交通工具故意殺人或者故意傷害，則表現(xiàn)為故意的心理態(tài)度，這是區(qū)分兩者的關鍵所在。

(四)本罪與以駕車撞人的危險方法危害公共安全罪的界限兩者都是危害公共安全的犯罪，都可能發(fā)生致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的嚴重后果，但兩者存在明顯區(qū)別：一是主觀方面不同。交通肇事罪在主觀方面表現(xiàn)為過失;以駕車撞人的危害方法危害公共安全罪在主觀上表現(xiàn)為故意。二是客觀方面的要求不同。交通肇事罪在客觀方面要求行為人的違章行為必須造成法定的嚴重后果才構成為犯罪。

(五)本罪與重大飛行事故罪、鐵路運營安全事故罪的界限交通肇事罪與重大飛行事故罪、鐵路運營安全事故罪的不之處在于，一是侵犯交通運輸安全的側重點不同。交通肇事罪侵犯的主要是公路、水上交通運輸?shù)陌踩卮箫w行事故侵犯的是航空交通運輸?shù)陌踩F路運營事故罪侵犯的是鐵路交通運輸全。二是在客觀方面造成的嚴重后果的內容略有不同。三是犯罪主體不同。交通肇事罪的犯罪主體是一般主體，包括交通運輸人員和非交通運輸人員;重大飛行事故的犯罪主體只能是航空人員，包括空勤人員與地面人員;鐵路運營安全事故罪的犯罪主體必須是鐵路職工。