除了本條明確規(guī)定不適用本法的行為外，在實(shí)踐中還有一些容易同行政許可、行政審批相混淆，但不具有行政許可特征的行政行為。這些行政行為也不適用本法，主要有：

一是內(nèi)部審批行政行為，亦即上級(jí)行政機(jī)關(guān)基于行政隸屬關(guān)系對(duì)下級(jí)行政機(jī)關(guān)有關(guān)請(qǐng)示報(bào)告事項(xiàng)的審批。在行政管理中，下級(jí)行政機(jī)關(guān)經(jīng)常就工作中的一些重要計(jì)劃、規(guī)劃、決策以及貫徹執(zhí)行法律、法規(guī)和國(guó)家方針政策中的問題請(qǐng)示上級(jí)國(guó)家機(jī)關(guān)，由上級(jí)國(guó)家機(jī)關(guān)予以審查批準(zhǔn)。這種審查批準(zhǔn)，是一種內(nèi)部行政法律關(guān)系，是行政機(jī)關(guān)內(nèi)部上下級(jí)領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系的一種體現(xiàn)，不同于作為外部行政法律關(guān)系的行政許可，因此這種審批不適用本法。當(dāng)然，在上級(jí)對(duì)下級(jí)報(bào)批事項(xiàng)的審批中，有一些是下級(jí)行政機(jī)關(guān)受理的公民、法人或者其他組織的申請(qǐng)，按照管理權(quán)限，經(jīng)本級(jí)行政機(jī)關(guān)審查提出意見后，報(bào)上級(jí)審批。這種審批屬于行政許可決定程序中的一個(gè)環(huán)節(jié)，應(yīng)當(dāng)適用本法。

二是處置財(cái)產(chǎn)權(quán)利的審批，如行政機(jī)關(guān)以出資人的身份對(duì)國(guó)有企業(yè)資產(chǎn)處置等事項(xiàng)的審批。這種審批是因?yàn)橘Y產(chǎn)所有權(quán)而產(chǎn)生的，行使的是所謂“老板權(quán)”。國(guó)家將國(guó)有資產(chǎn)處置的審批，由于交由行政機(jī)關(guān)去審批，發(fā)生了主體的競(jìng)合。這時(shí)的行政機(jī)關(guān)具有雙重身份，既是行政管理機(jī)關(guān)，又是國(guó)有資產(chǎn)所有者的代表。它在對(duì)國(guó)有資產(chǎn)處置進(jìn)行審批時(shí)，是作為所有者的代表在履行職責(zé)，因此不屬于行政許可。這里如果不分清其中的法律關(guān)系，就容易混淆兩種審批的性質(zhì)。隨著國(guó)有資產(chǎn)管理體制的深化，這種審批區(qū)別于行政許可的特點(diǎn)將越來越明顯。就全國(guó)而言，國(guó)務(wù)院設(shè)立國(guó)有資產(chǎn)管理委員會(huì)，作為其特設(shè)機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)國(guó)有資產(chǎn)的管理。國(guó)有資產(chǎn)管理委員會(huì)不屬于行政機(jī)關(guān)，對(duì)國(guó)有企業(yè)有關(guān)事項(xiàng)的審批，當(dāng)然不屬于行政許可。

三是行政機(jī)關(guān)確認(rèn)財(cái)產(chǎn)權(quán)利及其他民事關(guān)系的登記。我國(guó)的登記種類很多，概括起來是兩類：一類是確認(rèn)登記，主要包括產(chǎn)權(quán)登記、抵押登記、結(jié)婚登記、收養(yǎng)登記、個(gè)人身份登記、特定事實(shí)登記等，不屬于行政許可。這類登記屬于事后程序，是保護(hù)和確認(rèn)登記人的權(quán)利，而不是重新賦予其權(quán)利。在這類登記中，行政機(jī)關(guān)行使的不是行政管理權(quán)，而是以第三人的身份出現(xiàn)，起證實(shí)和確認(rèn)作用。另一類是設(shè)立、開業(yè)登記。設(shè)立法人登記的實(shí)質(zhì)是取得民事權(quán)利能力，取得行為能力。因此設(shè)立、開業(yè)登記

第三條行政許可的設(shè)定和實(shí)施，適用本法。

有關(guān)行政機(jī)關(guān)對(duì)其他機(jī)關(guān)或者對(duì)其直接管理的事業(yè)單位的人事、財(cái)務(wù)、外事等事項(xiàng)的審批，不適用本法。