借款合同糾紛一般有以下幾種形式，即一般借款合同糾紛、(金融機構)同業拆借合同糾紛、企業之間借貸糾紛以及民間借貸糾紛。此外實踐中還常見委托貸款、以存單為表現形式的借貸以及封閉貸款合同糾紛。借款合同是合同的一種，對其效力的審查認定與其他合同基本一致，即遵循合同法的規定：一方以欺詐、脅迫的手段訂立合同，損害國家利益的、惡意串通，損害國家利益、集體或者第三人利益的，以合法形式掩蓋非法目的、損害社會公共利益的、違反法律、行政法規的強制性規定的合同為無效。對于一般的借款合同，只要是當事人雙方的合意，法院一般會確認其效力。但是對于幾種特殊的借款合同的效力，我們必須根據具體情況加以區分。

一、金融機構違反《商業銀行法》規定而簽訂的借款合同。《商業銀行法》是由人大常委會制定的法律規范，由于制定該法的目的之一就是規范商業銀行的行為、提高信貸資產質量、加強監督管理，所以有較多的強制性規定，大量使用了"應當"、"必須"、"不得"等用語，但是這些帶有強制性用語的規定在合同法中并沒有相應的體現，因而一般情況下除了違反中國人民銀行有關的利率的規定會導致合同條款無效外，違反《商業銀行法》的其他規定并不必然導致合同無效。

二、關于貸款人為非金融機構企業的借款合同。此類借款最常見的是一般企業之間的借款、名為聯營實為借貸的借款以及名為補償貿易實為借貸的借款。根據《商業銀行法》及《非法金融機構和非法金融活動取締辦法》的規定，未經中國人民銀行批準，任何單位和個人不得擅自設立金融機構或者從事金融業務活動。所以，非金融機構的企業是不能作為貸款人與他人簽訂借款合同的。最高人民法院對以上幾種性質的借款合同也有批復，均按無效合同處理。

三、金融租賃公司與承租人簽訂的名為融資租賃實為借貸的借款。融資租賃合同包括兩個法律關系：一個是出租人與承租人之間的租賃關系，一個是出租人與出賣人之間的買賣租賃關系。司法實踐中，常常遇到名為融資租賃實為借貸的情況，如出租人與承租人未對出賣人及租賃物作出明確的約定或者選擇，而是由出租人直接將資金交付給承租人使用，承租人亦不是用該資金去購買租賃物，而是用于其他流動資金的，就是名為融資租賃實為借貸的借款合同。這時，如果出租方為不具備經營貸款業務的企業的，則按一般企業間借款合同處理，認定合同無效;如果融資租賃的出租人屬于非銀行金融機構的，則按出借人為非銀行金融機構的一般借款合同處理。

四、關于政府部門根據政策發放貸款而簽訂的借款合同。雖然《貸款通則》規定，各級行政部門不得經營貸款業務，但從最高院的判例來看，并非如此。因為財政部《關于地方財政有償使用資金管理辦法》規定，地方財政部門為扶持特定的企業、行業發展，可以發放財政周轉金，實行有償使用，收取一定的資金占用費，定期歸還。所以，此種情況下，由政府機關發放的貸款，并不違反法律、法規的強制性規定，亦不損害國家和社會公共利益，可以認定此種借款合同有效。

對于無效合同的處理，合同法第58條有一般性的規定，但是對借款合同沒有特別規定。最高院要求遵循以下處理原則，合同認定無效后，除本金可以返還外，對于出資方已經取得或者約定的利息應予收繳，對另一方則應處以相當于銀行利息的罰款。但司法實踐中，大多數法院僅判決借款人返還本金，對約定的利息既不進行追繳，也不進行處罰，有的法院則不對借款雙方進行處罰，對利息也不保護，對已經支付的利息判決沖抵借款本金。