目前，影響我國行政復(fù)議制度功能發(fā)揮的一個重要因素就是復(fù)議機(jī)關(guān)的設(shè)置不合理。由于我國設(shè)立行政復(fù)議的目的主要是使行政機(jī)關(guān)自行審查其行政行為的合法性和合理性，因此按照我國《行政復(fù)議法》的規(guī)定，復(fù)議機(jī)關(guān)原則上是作出具體行政行為的原行政機(jī)關(guān)的同級人民政府或上一級主管部門，其與被申請人不僅同屬于行政組織，而且在組織上或業(yè)務(wù)上與被申請人有領(lǐng)導(dǎo)和被領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)系。從目前法律對行政復(fù)議作出的界定來看，它是指公民、法人或其他組織認(rèn)為行政機(jī)關(guān)的具體行政行為侵犯其合法權(quán)益，依法向法定的行政機(jī)關(guān)提出申請，由受理機(jī)關(guān)根據(jù)法定程序?qū)唧w行政行為的合法性和適當(dāng)性進(jìn)行審查并作出相應(yīng)決定的活動。由此可以看出，行政復(fù)議實(shí)質(zhì)上具有一種裁判性，即準(zhǔn)司法性的活動。首先，行政復(fù)議遵循的是“不告不理”的原則，行政復(fù)議活動的產(chǎn)生由行政相對人依法提出申請;其次，行政復(fù)議是以解決個案的方式來裁決爭議的，即解決行政機(jī)關(guān)與行政相對人之間的爭議。行政復(fù)議準(zhǔn)司法性決定了它必須在程序上體現(xiàn)出司法的一些特征，而司法的精髓在于其公正地解決紛爭，因而它需要以復(fù)議機(jī)關(guān)的超脫性和程序上的嚴(yán)密性為支撐。目前從我國行政復(fù)議制度的形式來看，由于復(fù)議機(jī)關(guān)與被申請人具有一種利害關(guān)系，復(fù)議機(jī)關(guān)也就很難超脫于糾紛雙方之上，公正地解決糾紛。

我國目前的行政復(fù)議屬于一種層級監(jiān)督的體制，其法律根據(jù)及理由是基于憲法規(guī)定的行政領(lǐng)導(dǎo)體制。憲法的相關(guān)規(guī)定，決定了上級行政機(jī)關(guān)對下級行政機(jī)關(guān)具有領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，下級行政機(jī)關(guān)必須對上級行政機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)。上級行政機(jī)關(guān)對下級行政機(jī)關(guān)行使監(jiān)督權(quán)正是實(shí)現(xiàn)對下級領(lǐng)導(dǎo)的重要方式。上級行政機(jī)關(guān)對下級行政機(jī)關(guān)的監(jiān)督由于基于上級對下級的直接領(lǐng)導(dǎo)關(guān)系。在監(jiān)督手段上，不僅可以通過受理復(fù)議案件查處下級行政機(jī)關(guān)的行為是否合法、適當(dāng)并做出相應(yīng)的處理。另外，立法者認(rèn)為層級監(jiān)督作為行政系統(tǒng)的一種內(nèi)部監(jiān)督形式，在實(shí)踐中會更行之有效。層級監(jiān)督作為一種上下級之間的內(nèi)部監(jiān)督，由于上下級機(jī)關(guān)自成一體，相互關(guān)系密切，從上級機(jī)關(guān)來說，對下級機(jī)關(guān)的情況比較了解，也了解行政上的實(shí)際，技術(shù)上比較內(nèi)行，監(jiān)督與領(lǐng)導(dǎo)合二為一，使監(jiān)督更具有權(quán)威。

然而，任何制度設(shè)計(jì)都是既有利也有弊的，這就要求我們在進(jìn)行制度設(shè)計(jì)時作出一種權(quán)衡的選擇。現(xiàn)行的這種層級監(jiān)督制度的復(fù)議形式雖然起到了一定的作用，但在實(shí)踐操作中卻帶來了很多的問題，使得我們不得不重新審視它的合理性。層級監(jiān)督作為一種內(nèi)部行政監(jiān)督，難以保證監(jiān)督的民主性和公正性。行政機(jī)關(guān)是管理機(jī)關(guān)，其內(nèi)設(shè)的復(fù)議機(jī)構(gòu)是負(fù)責(zé)法制工作的機(jī)構(gòu)，并非專門設(shè)立的復(fù)議部門，其機(jī)構(gòu)不獨(dú)立，承擔(dān)著其他繁重的行政管理任務(wù)，也就不可能集中精力對下級行政機(jī)關(guān)的行政行為是否合法進(jìn)行有效的監(jiān)督。由于行政上下級之間自成一體，其監(jiān)督仍然只是一種自我監(jiān)督，從現(xiàn)代法治精神上說，此種機(jī)制不符合回避的原則，也就很難發(fā)揮其應(yīng)有的功能。且不說行政機(jī)關(guān)上下級之間是否官官相護(hù)，存在護(hù)短心理，就是上級行政機(jī)關(guān)對下級嚴(yán)格要求，有錯必糾，仍然很難擺脫下級行政機(jī)關(guān)本身貫徹上級行政機(jī)關(guān)意圖的所存在的問題，同時很多行政行為都是事先請示上級行政領(lǐng)導(dǎo)首肯的，在這種情況下，上級行政機(jī)關(guān)所進(jìn)行的復(fù)議活動往往容易留于形式，難以真正發(fā)揮行政復(fù)議制度的作用。

現(xiàn)行的行政復(fù)議法中還規(guī)定有“對國務(wù)院部門或者省、自治區(qū)、直轄市人民政府的具體行政行為不服的，向作出該具體行政行為的國務(wù)院部門或者省、自治區(qū)、直轄市人民政府申請行政復(fù)議。對行政復(fù)議決定不服的，可以向人民法院提起行政訴訟;也可以和國務(wù)院申請裁決，國務(wù)院依照本法的規(guī)定作出最終裁決。”此規(guī)定采取了一個“自審”的方式進(jìn)行復(fù)議，并采取選擇的形式，從而部分地用行政裁決權(quán)替代了司法審查權(quán)，從而使部分行政行為缺乏有效監(jiān)督。

除上述問題以外，行政復(fù)議法對復(fù)議工作人員的配備及要求并沒有作出相應(yīng)的規(guī)定，這也是該制度的缺陷，但是如果以上的程序問題不能重新設(shè)定，在目前的制度框架內(nèi)，即便素質(zhì)再高的人也難以有所作為，因?yàn)閷?shí)際上行政復(fù)議最終作出決定權(quán)的并不是復(fù)議機(jī)構(gòu)及復(fù)議工作人員，而是復(fù)議機(jī)構(gòu)所在的行政機(jī)關(guān)的負(fù)責(zé)人，從而造成復(fù)議權(quán)和裁決權(quán)分離的狀態(tài)。