納稅人需要注意的是，如果沒有取得合作運輸單位(或個人)開具的貨運發票，則必須全額繳納營業稅。在選擇合作伙伴時，應要求對方能夠提供貨運發票，避免帶來不必要的損失。

發票“運價”和“里程”不再是必填項

在新版發票使用過程中，存在無法明確或難以計算單位運價和運費里程的情況，給納稅人準確填開發票也帶來了一些不必要的麻煩。《通知》規定，“運價”和“里程”兩項內容可不填列。

除這兩項之外，準予計算增值稅進項稅額扣除的貨運發票發貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數量、運費金額等項目填寫必須齊全，與貨運發票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。

作廢發票須同時符合三個條件

對貨運發票的作廢的操作，《國家稅務總局關于使用新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》(國稅發[2006]67號)規定為“在填開和打印時發現有誤的，可即時作廢，并在廢票全部聯次監制章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗”。

納稅人需要注意的是，此項條款已經作廢，在以后進行貨運發票作廢操作時要遵照新規定。本次《通知》規定，在開具貨運發票的當月，發生取消運輸合同、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理;開具時發現有誤的，可即時作廢。

《通知》規定了作廢發票必須數據處理和紙質處理同步，作廢貨運發票必須在公路、內河貨物運輸業發票稅控系統(以下簡稱貨運發票稅控系統)開票軟件(包括自開票軟件和代開票軟件)中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質貨運發票(含未打印貨運發票)各聯次上注明“作廢”字樣，全部聯次監制章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗。

作廢發票必須同時具有以下情形：

(1)收到退回發票聯、抵扣聯的時間未超過開票方開票的當月;

(2)開票方未進行稅控盤(或傳輸盤)抄稅且未記賬;

(3)受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯認證或認證結果為“納稅人識別號認證不符”(指發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符)、“發票代碼、號碼認證不符”(指機打代碼或號碼與發票代碼或號碼不符)。不符合條件的，不得進行作廢操作。

開具紅字貨運發票應區分不同情況

受票方取得貨運發票后，發生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運費部分退回需要開具紅字發票的，應按紅字發票開具規定進行處理。開具紅字發票時應在價稅合計的大寫金額第一字前加“負數”字，在小寫金額前加“-”號。開具紅字貨運發票，根據具體情況的不同，有不同的處理方法。

第一種情況是在開具紅字發票前，如受票方尚未記賬、貨運發票全部聯次可以收回的，應對全部聯次監制章部位作剪口處理后，再開具紅字發票。開票方為公路、內河貨物運輸業自開票納稅人(以下簡稱自開票納稅人)或代開票中介機構的，開票方應在領購新貨運發票時將剪口后的貨運發票全部聯次交稅務機關查驗并留存。

而第二種情況是在開具紅字發票前，如無法收回全部聯次，受票方應向主管稅務機關填報《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票申請單》。受票方為營業稅納稅人的，向主管地方稅務局填報《申請單》，受票方為增值稅納稅人的，向主管國家稅務局填報《申請單》。

《申請單》一式兩聯：第一聯由受票方留存，第二聯由受票方主管稅務機關留存。《申請單》應加蓋受票方財務專用章或發票專用章。主管稅務機關對納稅人填報的《申請單》進行審核后，出具《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票通知單》。《通知單》應與《申請單》一一對應。《通知單》一式三聯：第一聯由受票方主管稅務機關留存，第二聯由受票方送交承運方留存，第三聯由受票方留存。《通知單》應加蓋主管稅務機關印章。開票方憑承運方提供的《通知單》開具紅字貨運發票，紅字貨運發票應與《通知單》一一對應。承運方為自開票納稅人的，開票方即為承運方。

開票方為自開票納稅人或代開票中介機構的，應于報送稅控盤(或傳輸盤)數據時將《通知單》一并交主管稅務機關審核。開票方主管稅務機關應將納稅人稅控盤(或傳輸盤)中開具紅字貨運發票情況與《通知單》進行審核、比對;比對不符的，不允許其開具紅字貨運發票并按有關規定進行處理。