第一、個人獨資企業必須要有固定的生產經營場所和合法的企業名稱，而個體工商戶可以不起字號名稱，也可以沒有固定的生產經營場所而流動經營。換句話說，合法的企業名稱和固定的生產經營場所是個人獨資企業的成立要件，但不是個體工商戶的成立要件。

第二、個體工商戶的投資者與經營者是同一人，都必須是投資設立個體工商戶的自然人。而個人獨資企業的投資者與經營者可以是不同的人，投資人可以委托或聘用他人管理個人獨資企業事務。也就是說，個人獨資企業的所有權與經營權是可以分離的，這就決定了個人獨資企業更符合現代企業制度的特征。而個體工商戶的所有權與經營權是集于投資者一身的，已不能適應于現代企業制度發展的要求，所以它只能適用于小規模的經營主體。

第三、個人獨資企業可以設立分支機構，也可以委派他人作為個人獨資企業分支機構負責人。這一規定，說明了個人獨資企業不但可以在登記管理機關轄區內設立分支機構，也可以在異地設立分支機構，由設立該分支機構的個人獨資企業承擔責任。而個體工商戶根據規定不能設立分支機構。另一方面個體工商戶雖然可以異地經營，但隨著各地近幾年相繼簡化了外來人員的登記手續，從而使個體工商戶的異地經營這一規定逐漸淡化。由此可以看出，個人獨資企業的總體規模一般大于個體工商戶。

第四、個人獨資企業與個體工商戶的法律地位不盡相同。在民事、行政、經濟法律制度中個人獨資企業是其他組織或其它經濟組織的一種形式，能以企業自身的名義進行法律活動。而個體工商戶是否能夠作為其它組織或其它經濟組織的一種形式，一直是國內民法學家的爭論對象。在日常法律活動中，個體工商戶的法律行為能力往往受到一定的限制，更多的時候，個體工商戶是以公民個人名義進行法律活動的。事實上，國內就有許多法律專家提出個體工商戶不是法律意義上的企業。另外，個人獨資企業與個體工商戶作為市場主體參與市場經濟其他活動的能力不同，如個人獨資企業可以成為公司的股東，從而以企業名義享有公司股東的權利和義務，而個體工商戶一般不能以企業名義作為公司股東，只能以個人投資者(自然人)身份成為公司股東。

第五、個人獨資企業與個體工商戶在財務制度和稅收政策上的要求也不盡相同。事實上，這也是投資者較關心的問題。根據《個人獨資企業法》的規定,個人獨資企業必須建立財務制度，以進行會計核算。值得一提的是，個人獨資企業的財務制度是個人獨資企業的必備條件，不以任何部門的要求而改變。而個體工商戶由于情況復雜，是否要建立會計制度爭論較多，在即將實施的新《會計法》中也只作了原則規定。按照執法情況看，個體工商戶可以按照稅務機關的要求建立賬簿，如稅務部門不作要求的，也可以不進行會計核算。另外，在稅收政策方面，由于我國的稅收法律制度是一個相對獨立的體系，它與市場主體法律制度之間沒有統一的聯系。稅務部門認定一般納稅人和小規模納稅人的標準并不是以企業的市場主體地位不同而劃分的。一般來說，個體工商戶較難認定為一般納稅人，而個人獨資企業如符合條件則可以認定為一般納稅人。如何把市場主體立法與稅收立法有機地結合起來，是今后完善社會主義市場經濟法律制度值得探討的問題。