首先，它屬于國(guó)家賠償責(zé)任。國(guó)家賠償責(zé)任，是指國(guó)家機(jī)關(guān)及其工作人員在執(zhí)行職務(wù)的過程中給公民、法人或其他組織的合法權(quán)益造成損害依法應(yīng)承擔(dān)的法律責(zé)任。國(guó)家賠償責(zé)任可分為行政賠償責(zé)任、司法賠償責(zé)任、立法賠償責(zé)任和軍事賠償責(zé)任等。國(guó)家賠償責(zé)任具有以下幾個(gè)特點(diǎn)：主體的公權(quán)性。即國(guó)家賠償責(zé)任的主體必須是享有國(guó)家公權(quán)的組織，包括國(guó)家立法機(jī)關(guān)、司法機(jī)關(guān)、行政機(jī)關(guān)和軍事機(jī)關(guān)等。非享有國(guó)家公權(quán)的組織不是公權(quán)主體，不能引發(fā)國(guó)家賠償責(zé)任。原因行為的職務(wù)性。國(guó)家賠償責(zé)任是發(fā)生在國(guó)家機(jī)關(guān)及其工作人員在執(zhí)行職務(wù)的過程之中。損害的結(jié)果性。國(guó)家賠償責(zé)任以實(shí)際發(fā)生了損害的結(jié)果為前提。沒有實(shí)際損害結(jié)果的存在，不適用國(guó)家賠償責(zé)任。受害權(quán)益的私益性。亦即國(guó)家賠償責(zé)任中所針對(duì)的損害是受害人的私益性的損害，而不是公益性的損害，包括受害人的人身或財(cái)產(chǎn)損害。從登記機(jī)關(guān)在瑕疵公司登記情況下對(duì)登記申請(qǐng)人及第三人承擔(dān)的損害賠償責(zé)任看，符合國(guó)家賠償責(zé)任的特征：第一，公司登記機(jī)關(guān)為國(guó)家工商行政管理部門，是國(guó)家行政機(jī)關(guān)，符合國(guó)家賠償責(zé)任中“主體的公權(quán)性”特征;第二，導(dǎo)致登記機(jī)關(guān)承擔(dān)瑕疵公司登記損害賠償責(zé)任的行為是公司登記行為，而公司登記行為是登記機(jī)關(guān)及其登記人員的職務(wù)行為，非個(gè)人行為，符合國(guó)家賠償責(zé)任中原因行為的職務(wù)性特征;第三，瑕疵公司登記給登記申請(qǐng)人或交易第三人造成的損害，主要是財(cái)產(chǎn)性損害，屬于私益性，符合國(guó)家賠償責(zé)任中受害權(quán)益的私益性和損害的結(jié)果性特征。因此，登記機(jī)關(guān)瑕疵公司登記之損害賠償責(zé)任應(yīng)當(dāng)屬于國(guó)家賠償責(zé)任性質(zhì)。在我國(guó)，由于公司登記機(jī)關(guān)是行政機(jī)關(guān)性質(zhì)，登記機(jī)關(guān)的公司登記行為是行政行為。因此，進(jìn)一步言之，我國(guó)登記機(jī)關(guān)瑕疵公司登記之損害賠償責(zé)任屬于國(guó)家賠償責(zé)任中的行政賠償責(zé)任。

其次，它屬于特殊侵權(quán)責(zé)任。如上所述，登記機(jī)關(guān)瑕疵公司登記之損害賠償責(zé)任屬于國(guó)家賠償責(zé)任，而國(guó)家賠償責(zé)任在本質(zhì)上表現(xiàn)為一種侵權(quán)責(zé)任，具體表現(xiàn)為國(guó)家侵權(quán)責(zé)任，是國(guó)家機(jī)關(guān)及其工作人員的職務(wù)侵權(quán)責(zé)任。不過，這種侵權(quán)責(zé)任與一般普通民事侵權(quán)責(zé)任又不完全相同，一般民事侵權(quán)責(zé)任的侵權(quán)主體是普通的私主體，而國(guó)家賠償責(zé)任的侵權(quán)主體是國(guó)家機(jī)關(guān)，是公主體;一般民事侵權(quán)責(zé)任的侵權(quán)是基于私法關(guān)系而產(chǎn)生，而國(guó)家賠償責(zé)任中的侵權(quán)是基于公權(quán)關(guān)系而產(chǎn)生。公司登記機(jī)關(guān)因公司登記瑕疵給登記申請(qǐng)人和第三人造成的損害，實(shí)質(zhì)上就是對(duì)申請(qǐng)人和第三人的侵權(quán)，侵犯的是申請(qǐng)人和第三人的財(cái)產(chǎn)權(quán)益。基于公司登記機(jī)關(guān)的性質(zhì)及其登記行為的性質(zhì)，登記機(jī)關(guān)因瑕疵登記對(duì)申請(qǐng)人和第三人的損失承擔(dān)的責(zé)任，是國(guó)家侵權(quán)責(zé)任中的行政侵權(quán)責(zé)任，可以歸入特殊侵權(quán)的范圍。

最后，它屬于民事責(zé)任。我國(guó)《民法通則》第121條明確規(guī)定：“國(guó)家機(jī)關(guān)或國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員在執(zhí)行職務(wù)中，侵犯公民、法人的合法權(quán)益造成損害的，應(yīng)當(dāng)承擔(dān)民事責(zé)任。”公司登記機(jī)關(guān)的公司登記行為是國(guó)家機(jī)關(guān)或國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員執(zhí)行職務(wù)的行為，登記機(jī)關(guān)的瑕疵公司登記導(dǎo)致登記申請(qǐng)人或交易第三人損害的，是對(duì)公民、法人合法權(quán)益的侵害，因此，登記機(jī)關(guān)瑕疵公司登記給登記申請(qǐng)人或交易第三人的合法權(quán)益造成損害的，應(yīng)當(dāng)按照《民法通則》第121條之規(guī)定對(duì)登記申請(qǐng)人或交易第三人承擔(dān)民事責(zé)任。另外，再從國(guó)家賠償責(zé)任的法律責(zé)任性質(zhì)看，登記機(jī)關(guān)瑕疵公司登記之賠償責(zé)任作為一種國(guó)家賠償責(zé)任，并不是行政責(zé)任，“而是一種民事法律責(zé)任”，“是一種民事性質(zhì)的賠償責(zé)任”，“它適用民事賠償和民事補(bǔ)救的方法”。

綜合上述，因登記機(jī)關(guān)所致瑕疵公司登記，可能造成對(duì)登記申請(qǐng)人及交易第三人的損害，登記機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)對(duì)登記申請(qǐng)人及第三人的損害承擔(dān)責(zé)任，這種責(zé)任屬于國(guó)家賠償責(zé)任，屬于特殊侵權(quán)責(zé)任，屬于民事責(zé)任。