對醫療損害賠償案件進行鑒定的機構有兩種：一種是依據《條例》委托醫學會對是否構成醫療事故的醫療事故技術鑒定。根據《條例》的規定，醫療事故鑒定的組織者是衛生行政部門所屬的醫學會，也是當事醫院的上司，形成了“老子給兒子鑒定”的局面。而且醫學會的一個主要責任就是監督下屬醫院是否違反了規章制度和技術操作規程，如果鑒定構成醫療事故，也就間接判定自己的錯。并且鑒定人不在鑒定書上簽名，實行集體負責制導致責任不明確，鑒定專家不出庭接受質詢等，這些問題的存在使得患方對醫療事故技術鑒定結論的公正性產生質疑，往往提出重新鑒定和再次鑒定的申請，有的案件進入到訴訟程序，患方又要求進行醫療過錯的司法鑒定。甚至個別案件同時做過兩次醫療事故技術鑒定和兩次醫療過錯的司法鑒定，不但耗費了大量的鑒定資源及司法資源，也耗費了不少金錢和精力，給法官審理案件增添不少困難。醫療糾紛鑒定要做到令人信服，必須保證程序上的合法、公正，如果程序出現問題，那么醫療糾紛鑒定不管內容上多么正確，都有可能被推翻否定。

另一種是依據2005年2月第十屆全國人民代表大會常務委員會第十四次會議通過的《全國人大常委會關于司法鑒定管理問題的決定》，委托法醫對醫療過錯進行的司法鑒定。司法鑒定在啟動的程序、鑒定人員的組成、鑒定的方式、鑒定的內容和鑒定所要解決的問題以及鑒定的監督方式等均不相同，必然會造成兩種鑒定結論在司法訴訟中的不同“采信率”。法官采信司法鑒定的機會要多一些.由于賠償標準的不同，患方多會申請司法鑒定;擔心一旦鑒定為醫療事故可能會受到行政處罰和刑事處罰的醫療機構寧愿多承擔賠償責任也會申請司法鑒定。司法鑒定已成為醫療損害賠償案件鑒定的一個趨勢。

筆者認為，在法律上應當確認醫療損害責任鑒定是司法鑒定的性質，改變傳統觀念中固守的醫療事故鑒定是醫學鑒定的認識。法官應當享有全面的醫療損害責任司法鑒定的決定權、組織權和審查權.這樣法宮在審理醫療損害賠償案件時才能享有真正的主動權，發揮醫療損害責任鑒定結論作為證據為訴訟服務的作用，為案件審理過程中遇到的疑難問題提供幫助。由于這種醫療損害責任鑒定制度實行鑒定專家個人負責制，鑒定專家在必要時需要出庭接受當事人和法官的質詢，對其作出的鑒定結論進行解釋和論證。因此，鑒定專家會充滿責任心，從而可以減少和防范鑒定結論不公的現象。

有必要指出的是，由于醫學鑒定通常是由醫學理論扎實和臨床經驗豐富的醫學專家擔任，即具有臨床資格的醫師鑒定才更合理，其出具的鑒定結論更具有專業性、權威性。而法醫作為鑒定人并未要求具備高級技術職稱。法醫學和臨床醫學是兩個不同的領域，法醫不是臨床醫師，也不具備臨床醫師的執業資格，其所掌握的知識結構缺乏相應的臨床醫學知識作為支撐，同時對本應具備的豐富臨床經驗又相對匱乏，并不能解決臨床診療中遇到的問題。即便其想作出科學、公正的鑒定結論，也是心有余而力不足。因此，筆者主張，對醫療損害鑒定有必要吸收臨床醫學專家作為司法鑒定人員，進行醫療過錯的司法鑒定，或者至少法醫不要單獨進行鑒定，一定要輔以臨床專家共同鑒定，作出的鑒定結論才能達到形式正義和實質正義的統一。