設立協(xié)議和公司章程具有一致性和許多相同之處。公司名稱、注冊資本、經(jīng)營范圍股東構成、出資形式和數(shù)額等事項是公司章程和設立協(xié)議必須注明的事項。公司章程一般以設立協(xié)議為基礎，吸收設立協(xié)議的基本內(nèi)容，包括：公司的組織機構、股份轉讓、增資、減資、合并分立、公司終止的情形等。雖然設立協(xié)議和公司章程目標具有一致性，但是，兩者的性質(zhì)和功能不同。
1、設立協(xié)議和公司章程的效力期間不同，設立協(xié)議是調(diào)整公司設立過程中的法律關系和法律行為，設立協(xié)議產(chǎn)生在公司成立前，公司的設立階段，經(jīng)發(fā)起人達成一致簽字蓋章即具有法律效力。公司章程是以公司成立為前提的，在公司成立后才能生效，對股東具有約束力。
2、設立協(xié)議不是公司設立的必要法律文件。而公司章程是公司設立必備的法律文件，任何公司登記成立都必須提交公司章程。只有股份有限公司規(guī)定了發(fā)起人必須簽訂發(fā)起人協(xié)議。《公司法》第八十條“股份有限公司發(fā)起人承擔公司籌辦事務。發(fā)起人應當簽訂發(fā)起人協(xié)議，明確各自在公司設立過程中的權利和義務。”
3、設立協(xié)議是不要式法律文件，根據(jù)當事人之間的意思表示形成，其內(nèi)容更多的體現(xiàn)了當事人的意志和要求，屬于契約，需要遵守合同法的一般規(guī)則;公司章程是要式法律文件，公司章程必須依據(jù)公司法制定，不能違反法律、和行政法規(guī)為前提。
4、設立協(xié)議和公司章程約束的對象不同，設立協(xié)議是全體發(fā)起人訂立的，調(diào)整的是發(fā)起人之間的關系，在發(fā)起人之間具有法律約束力。公司設立過程中產(chǎn)生的權利和義務，發(fā)起人按照發(fā)起協(xié)議的約定承擔。而公司章程調(diào)整的是股東之間、公司與股東之間公司與公司的治理機構之間的法律關系，即包括對原始發(fā)起人股東有約束力，也對按照公司章程和公司法規(guī)定后加入公司的股東具有約束力。
公司章程是法律規(guī)定的必備的法律文件，產(chǎn)生在設立協(xié)議之后。因此在公司成立后，應當以公司章程作為準則。設立協(xié)議和公司章程發(fā)生矛盾時以公司章程規(guī)定為準，發(fā)起協(xié)議只對原始的發(fā)起人具有約束力。