即使法律、行政法規(guī)規(guī)定實施行政許可可以收取費用，實施機關(guān)也不得自行收取費用，還必須按照法定程序報經(jīng)有關(guān)部門批準，核定收費項目和標準。我國的行政事業(yè)性收費項目和標準實行中央和省兩級審批。收費項目按隸屬關(guān)系分別報國務(wù)院和省、自治區(qū)、直轄市人民政府的財政部門會同計劃(物價)部門批準;制定和調(diào)整收費標準，也要按隸屬關(guān)系分別報國務(wù)院和省級人民政府計劃(物價)部門會同財政部門批準;重要項目及標準分別報國務(wù)院和省級人民政府批準。省級人民政府批準的行政事業(yè)性收費項目和收費標準報財政部、國家計委備案。省級以下人民政府及其各部門無權(quán)審批設(shè)立行政事業(yè)性收費項目或調(diào)整收費標準。面向農(nóng)民的行政事業(yè)性收費，還應(yīng)當經(jīng)主管農(nóng)業(yè)的部門審核。中國加入WTO工作組報告書曾經(jīng)對我國服務(wù)市場開放中的行政許可收費提出了明確要求：“行政許可中的有關(guān)收費應(yīng)當與處理行政許可申請所需的行政費用相當，除非該費用是通過拍賣或者招投標等競爭性方式確定的”。這可以理解為確定行政許可收費項目和標準的一項原則。一般來說，行政許可收費應(yīng)當遵循非盈利和節(jié)約的原則，其收費計算標準應(yīng)以實際勞務(wù)和消耗支出為準。實際收費中，一些機關(guān)把行政許可收費當作是財政創(chuàng)收的一種手段，收費標準遠遠高于實際成本，這是應(yīng)當予以控制的。

二、收費要公開

按國家規(guī)定程序批準的行政事業(yè)性收費，要公開收費項目、范圍、標準，建立健全收費許可證、收費票據(jù)和年度審驗、票據(jù)稽查制度。收費單位必須到計劃(物價)部門辦理收費許可證，堅持持證收費，接受社會和群眾監(jiān)督;必須使用由省、自治區(qū)、直轄市以上財政部門統(tǒng)一制發(fā)的收費票據(jù)或監(jiān)制的專用票據(jù)。沒有收費許可證、沒有持證收費、沒有使用規(guī)定票據(jù)的，任何單位或個人都可以拒絕交費。任何組織和個人都有權(quán)向財政、計劃(物價)部門檢舉違反國家規(guī)定的收費行為。

三、收支兩條線

過去，一些地方為了緩解財政經(jīng)費緊缺的情況，采取了行政機關(guān)執(zhí)行法律、法規(guī)，履行法定職責(zé)時收取的費用，如許可收費、處罰收入等，可以與財政分成的辦法。行政機關(guān)收取的費用直接與本機關(guān)的行政經(jīng)費、福利待遇相聯(lián)系，因而出現(xiàn)“收費越多、經(jīng)費越多、福利越好”的現(xiàn)象。這種辦法產(chǎn)生種種弊端，特別是導(dǎo)致一些行政機關(guān)一味地追求收費和處罰，而忽視服務(wù)和管理。行政處罰法通過后，對罰沒收人實行收支兩條線管理，即罰沒收入全部上交財政，執(zhí)法機關(guān)所需費用由財政撥款予以保障。這一制度的推行為解決行政機關(guān)借處罰牟利的問題發(fā)揮了積極的作用。目前，我國現(xiàn)已全面推行“執(zhí)收”分開的制度，實行“單位開票，銀行代收，財政統(tǒng)管”的管理體制，所有行政事業(yè)性收費收入都應(yīng)當及時、足額繳入國庫或預(yù)算外資金財政專戶。行政許可收費，應(yīng)當貫徹這一原則。所收取的費用應(yīng)當全部上繳國庫，不得截留、挪用、私分或者變相私分。財政部門也不得以任何形式向行政機關(guān)返還或者變相返還實施行政許可所收取的費用。

第五十九條行政機關(guān)實施行政許可，依照法律、行政法規(guī)收取費用的，應(yīng)當按照公布的法定項目和標準收費;所收取的費用必須全部上繳國庫，任何機關(guān)或者個人不得以任何形式截留、挪用、私分或者變相私分。財政部門不得以任何形式向行政機關(guān)返還或者變相返還實施行政許可所收取的費用。