我國《土地管理法》第四十七條第二、第三款對(duì)耕地征用的補(bǔ)償費(fèi)，安置補(bǔ)助費(fèi)進(jìn)行了規(guī)定并有具體的計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)，但對(duì)因土地征用而引起的農(nóng)民在宅基地上自建房屋的拆遷卻沒有補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)。現(xiàn)實(shí)中，一般是由政府參照《城市房屋拆遷管理?xiàng)l例》及《細(xì)則》進(jìn)行補(bǔ)償，由于城市國有土地上的房屋和農(nóng)村集體土地上的房屋在土地所有權(quán)性質(zhì)、所有權(quán)主體、土地管理方式以及拆遷安置對(duì)象等方面均有差異，所以，《城市房屋拆遷管理?xiàng)l例》并不具有直接的參照性，導(dǎo)致在執(zhí)行過程中，各級(jí)政府制定的補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)隨意性很大，拆遷程序和補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)十分混亂。這種隨意性不但造成了補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)不統(tǒng)一，也造成了補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)的不合理性，因此也就不可避免地產(chǎn)生了許多糾紛，不僅極大地影響了黨和政府的聲譽(yù)，也直接影響了拆遷的進(jìn)程和效率。在一些地區(qū)，政府為了引進(jìn)投資，制定較低的補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)，以犧牲農(nóng)民的利益換取所謂的投資環(huán)境，使農(nóng)民的利益得不到應(yīng)有保護(hù)。法定補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)的缺失導(dǎo)致此類糾紛矛盾尖銳，處理難度加大。

2、對(duì)拆遷中農(nóng)民的私有財(cái)產(chǎn)權(quán)保護(hù)不夠。

農(nóng)民通過宅基地依法取得集體土地的使用權(quán)，農(nóng)民在宅基地上所建的房屋屬農(nóng)民私有財(cái)產(chǎn)是無可非議的。但在征用農(nóng)村集體土地的現(xiàn)實(shí)中，由于缺乏相應(yīng)的法律規(guī)范對(duì)農(nóng)村集體土地征用補(bǔ)償法律關(guān)系進(jìn)行明確的界定和規(guī)范，地方政府與村組簽訂《土地征用協(xié)議書》，協(xié)議中卻將屬于農(nóng)民私有財(cái)產(chǎn)的房屋一同處分。這種協(xié)議將私產(chǎn)與公產(chǎn)混為一談，其違法性顯而易見。從法理而論，房屋作為農(nóng)民的私有財(cái)產(chǎn)，農(nóng)民是房屋所有權(quán)的主體，只能由農(nóng)民自己進(jìn)行處分，所以關(guān)于集體土地上房屋拆遷的補(bǔ)償應(yīng)從土地征用補(bǔ)償中分離出來。

同時(shí)，房屋拆遷補(bǔ)償協(xié)議作為一種民事法律關(guān)系，應(yīng)當(dāng)由拆遷人和被拆遷人協(xié)商一致達(dá)成補(bǔ)償協(xié)議。但是由于我國《土地管理法》將集體土地上的房屋納入到了土地征用補(bǔ)償之中，房屋所有權(quán)主體作為被拆遷人不直接參與協(xié)商，對(duì)被拆遷人的房屋進(jìn)行價(jià)格評(píng)估亦不通知被拆遷人到場，而是由拆遷人單方指定的評(píng)估機(jī)構(gòu)進(jìn)行評(píng)估，有關(guān)拆遷補(bǔ)償和安置通常是由開發(fā)商一方說了算，協(xié)議中的一些規(guī)定屬于霸王條款，加之一些地方政府為了“優(yōu)化”當(dāng)?shù)赝顿Y環(huán)境，加大了行政權(quán)力的介入，被拆遷人無論是否同意都得拆，剝奪了農(nóng)民作為被拆遷人在整個(gè)拆遷過程中表達(dá)自己意愿、維護(hù)自己權(quán)益的機(jī)會(huì)，嚴(yán)重侵害了被拆遷人的權(quán)益。實(shí)際上，一攬子包括在土地征用費(fèi)中的房屋拆遷安置補(bǔ)償費(fèi)就是農(nóng)民作為被拆遷人時(shí)喪失房屋所有權(quán)的對(duì)價(jià)，他們對(duì)此豈能沒有發(fā)言權(quán)?這顯然違反了民法上的意思自治原則，更不能體現(xiàn)拆遷人與被拆遷人作為法律意義上的平等主體關(guān)系。

3、房屋所有人和第三人合法權(quán)益得不到保障。

集體土地上的房屋拆遷和城市房屋拆遷一樣，涉及很多法律關(guān)系。如拆遷居住房屋涉及的搬遷補(bǔ)助費(fèi)、過渡期內(nèi)的臨時(shí)安置費(fèi)，拆遷農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織以土地使用權(quán)入股聯(lián)營等形式與其他單位、個(gè)人共同開辦的企業(yè)所有的非居住房屋涉及的補(bǔ)償費(fèi)問題及因拆遷造成的停產(chǎn)、停業(yè)損失及預(yù)期收益的補(bǔ)償問題，對(duì)利用宅基地內(nèi)自建房屋從事生產(chǎn)經(jīng)營并持工商營業(yè)執(zhí)照房屋的拆遷安置問題，拆遷農(nóng)房租賃戶時(shí)涉及的租賃法律關(guān)系等等，其中既涉及房屋所有權(quán)人的權(quán)益，同時(shí)又涉及房屋所有人以外第三人的權(quán)益。由于我國目前尚無明確的法律、法規(guī)對(duì)上述問題進(jìn)行規(guī)范、相當(dāng)一部分地區(qū)對(duì)上述問題比較忽視，在實(shí)際拆遷時(shí)，只將房屋作為集體土地上的附著物進(jìn)行補(bǔ)償，并不細(xì)化區(qū)分農(nóng)村房屋的用途、性質(zhì)及相關(guān)的權(quán)利，嚴(yán)重?fù)p害了房屋所有人和第三人的合法權(quán)益。對(duì)任何私人房屋的拆遷都必須給予合理的補(bǔ)償，這是國際通行的一條基本準(zhǔn)則。國家發(fā)展必然要征用土地，城市化建設(shè)必須進(jìn)行拆遷，拆遷就需要補(bǔ)償。同時(shí)，不管是對(duì)城市居民還是對(duì)農(nóng)民，拆遷補(bǔ)償均應(yīng)該是公平合理的。如果能夠給予公平合理的補(bǔ)償，國家經(jīng)濟(jì)建設(shè)、城市發(fā)展便不會(huì)造成更大的社會(huì)矛盾和利益沖突，這是迫切需要解決的重要問題。

4、剝奪了農(nóng)民作為被拆遷人時(shí)的訴權(quán)。

由于我國《土地管理法》并沒有將農(nóng)民的房屋從土地征用中分離出來，而是將其包含在“地上附著物”中，所以在具體操作時(shí)，征地單位通常是將土地補(bǔ)償費(fèi)及“地上附著物”補(bǔ)償費(fèi)按照補(bǔ)償方案一攬子支付給政府或村組，關(guān)于補(bǔ)償方案又是政府或村組與征地單位協(xié)商。根據(jù)《土地管理法》的規(guī)定，補(bǔ)償方案要經(jīng)有關(guān)政府批準(zhǔn)，對(duì)補(bǔ)償方案有異議或不能達(dá)成協(xié)議的，由政府部門處理。從法理而言，當(dāng)一個(gè)私權(quán)利受到另一個(gè)私權(quán)利侵犯時(shí)，當(dāng)事人一方或雙方可以采取到法院提起民事訴訟等方式去解決，而當(dāng)私權(quán)利受到公權(quán)侵犯時(shí)，只有一個(gè)辦法，就是提請(qǐng)行政復(fù)議和提起行政訴訟，告的必須是具體行政行為，因?yàn)樵谖覈?dāng)事人不能起訴政府的抽象行政行為，同時(shí)，依據(jù)我國《行政訴訟法》的有關(guān)規(guī)定，被征用方與征用方就征用補(bǔ)償有關(guān)問題達(dá)不成協(xié)議，對(duì)行政裁決又不服，可以向人民法院提起行政訴訟。由于農(nóng)民個(gè)體作為被拆遷人時(shí)不是土地征用的一方當(dāng)事人，所以就不能行使這種訴權(quán)，農(nóng)民只能被迫接受政府裁決的方案。