土地承包權與土地承包經營權的產生，根源于家庭承包經營為基礎、統分結合的雙層經營體制，并最終得到法律的確認。由于《物權法》中土地承包經營權制度的設置深受《農村土地承包法》的影響，故學界普遍認為土地承包經營權包含土地承包權。盡管這兩種權利在存在的經濟基礎以及立法表述等方面具有一定的相似性，但仍存在著分離的基礎。首先，兩者的權利屬性不同：其一，權利主體不同。土地承包權的主體只能是本集體經濟組織成員，具有明顯的身份屬性;而土地承包經營權的主體可以是本集體經濟組織成員，也可以是其他農業經營者，不受成員身份的限制;其二，權利內容不同。土地承包權與土地承包經營權的權利內容無論是在利益的表現形態、現實可能性以及涉他性等方面均差異較大;其三，權利性質不同。土地承包權是一種成員權，而土地承包經營權是用益物權，兩者在性質特征上存在較大差異。其次，兩者救濟制度的差別較大：其一，侵權形態不同。土地承包權的侵權形態主要表現為，發包方剝奪和非法限制承包方的土地承包權以及發包方有違背土地承包的原則和程序的行為;而對土地承包經營權的侵權形態表現為，承包期內發包人非法收回承包地、承包期內發包人非法調整承包地、強迫或者限制土地承包權的依法流轉、承包地被征收時未給予土地承包經營權人以相應補償等。其二，救濟方式不同。從實體法的規定上看，作為成員權性質的土地承包權，當其受到侵害時，依照《物權法》第63條第2款之規定，土地承包權人可依法享有撤銷權。從司法實踐上看，土地承包權的糾紛案件，因不屬于法院受理案件的范圍，權利人不能通過訴訟途徑而只能依照行政方式予以解決;而當土地承包經營權受到侵害時，可適用《物權法》第33條規定的“物權確認請求權”，第34、35條規定的“物權請求權”，以及第37條規定的“損害賠償請求權”等權利保護方式;同時，作為最典型的用益物權，當其受到侵害時，土地承包經營權人有權請求侵權人承擔侵權責任。其三，責任方式不同。依照《物權法》第63條第2款之規定，侵害土地承包權的責任承擔方式主要有：一是恢復原狀，即人民法院撤銷集體經濟組織作出的侵害承包人承包權的決定;二是判令由集體經濟組織向集體成員分配承包地。依照《農村土地承包法》第54條、《侵權責任法》第15條之規定，侵害土地承包經營權應承擔的責任方式主要有：停止侵害、返還原物、恢復原狀、排除妨害、消除危險、排除損失。

實際上，無論是在理論上還是實踐中，土地承包經營權包含土地承包權均會誘發一系列不利后果：第一，造成理論上的混亂和紛爭。之所以出現理論上的混亂和紛爭，根本原因在于，忽視了土地承包權和土地承包經營權無論是在性質、功能、還是在救濟方式等方面均存在巨大差異，應分屬兩種不同類型的權利。并且，在農村土地權利的初始配置中，土地承包權是承包人取得土地承包經營權的前提和基礎，土地承包經營權的取得是土地承包權實現的基本方式。兩種權利的存在沒有共時性。

第二，導致土地承包經營權的功能超載。一般而言，制度目的決定制度功能并通過制度功能得以實現。就《物權法》的規定來看，土地承包經營權是作為一種最典型的用益物權制度來進行制度配置的。因此，其必須承擔“發揮物的效用”的物權法的立法目的。而該目的的實現，有賴于土地承包經營權負載能保障承包地的充分利用并實現效率的最大化的經濟性功能。以此為標尺進行檢驗，不難看出，我國現行的土地承包經營權制度的確存在功能超載的現象，具有明顯的不合理性。盡管土地承包經營權功能超載的原因是多方面的，如制度設計缺乏理論基礎的支撐、權利的法律特性與相關政策的現實目標存在抵牾以及缺失完善的配套制度群等。將承載保障性功能的承包權納入到土地承包經營權制度之中是最根本的原因。與其主張通過對集體所有土地的“資產化”改造，使承包經營權不再作為成員權的必然權利和成員身份利益的唯一載體，而真正成為與成員資格相分離的、去身份性的純粹物權，還不如讓土地承包權與土地承包經營權復歸原位，各行其是。

第三，妨礙土地承包經營權的有序流轉。盡管土地承包經營權流轉有著明確的政策與法律依據，但妨礙其有序流轉的情形仍然存在。其一，流轉實踐與法律規定相抵牾。就流轉方式而言，雖然現行立法禁止土地承包經營權抵押，但基于農業發展對資金的大量需求，全國很多地區還是進行了各具特色的抵押實踐。其二，成員權觀念制約了市場化流轉。盡管有《農村土地承包法》對農戶土地承包權實施物權保護，但是到了村社內部，農民對集體所有制下的成員權觀念根深蒂固，認為既然土地是集體所有的，每個村社成員就應享有土地承包經營權，由此帶來一系列的土地糾紛，嚴重影響了農村土地承包關系的穩定和土地承包經營權的市場化流轉。

第四，影響承包人土地權益的保護。土地承包經營權流轉涉及國家、流轉方和受讓方等多方主體，利益關系非常復雜。并且，國家、流轉方和受讓方在土地承包經營權流轉中的利益取向有時并不一致。就流轉方而言，立法和政策均非常注重對其權益的保護。但客觀而言，這些保護性規范，只是從土地承包經營權制度之外進行設置，不屬于權利構造的范疇。因此，并不能解決由于制度本身的缺陷給農民土地權益之保護所帶來的消極影響：從全國范圍來看，在流轉實踐中，絕大多數地區的流轉方大多是以轉包、出租等方式流轉土地承包經營權。但這些主要的流轉方式，從物權法上看，并不導致土地承包經營權的移轉，流轉方即原承包人，仍然享有土地承包經營權，受讓方根據轉包或出租合同取得的僅是土地租賃權。如果此時仍然堅持土地承包經營權包含承包權，且承包權應從土地承包經營權中分離出來，即流轉方享有“承包權”、受讓方享有“經營權”，就會出現極不利于流轉方土地權益保護的局面。當流轉方以轉讓、入股等方式流轉土地承包經營權，在物權法上，就會發生物權變動的效果，導致土地承包經營權的移轉，即流轉方喪失土地承包經營權，而受讓方取得土地承包經營權。此時，如果認為流轉方仍然享有“承包權”，不僅不合法理，而且對其權益保護毫無意義甚至不利。其一，土地承包經營權作為有期物權，在流轉期限屆滿后，受讓方的土地承包經營權消滅。其二，需要說明的是，土地承包權只是成員權的基本內容之一，屬于集體成員受益權能的范疇，并不是成員權的全部。其三，從宏觀層面上看，如果受讓人不能取得土地承包經營權，其利益得不到物權保障，受讓人勢必就會十分謹慎地權衡是否參與土地承包經營權的移轉，甚至不參與移轉，進而影響到土地承包經營權移轉的實現。

“三權分離”理論的提出和政策的跟進，導致“變法”已勢在必行。因此，法學界的當務之急是應做好以下工作，為即將到來的“變法”做好學理上的準備。第一，重視“變法”的話語權。改革就是“變法”，但“變法”還須“依法”。因此，當中央作出深化農村土地制度改革的重大戰略決策之際，法律工作者理應成為全面深化改革和律霸網建設的積極建言者。第二，關注改革實踐。法學界應通過深入的實踐考察，了解“三權分離”的現實原因及其運行情況，分析現行土地承包經營權等制度的缺失以及實踐中的制度需求;在掌握大量的第一手經驗材料、特別是各地規制“三權分離”的規范性文件的基礎上，加強對土地承包權和土地承包經營權理論的研究，豐富理論儲備并逐步形成理論共識。第三，注重成員權等權利制度的研究。就法學界而言，目前主流觀點似乎并不承認“承包權”的獨立性。盡管學界已對制度構建的方法和內容進行了較為深入的探討，但在立法模式和類型化等問題的研究上，還略顯不足。

在權利分置的理論共識形成之后，最為重要的環節就是土地承包權與土地承包經營權分置的制度構建問題。第一，土地承包權的設置。就現有立法資源的供給而言，土地承包權作為一項獨立的權利，其制度的構建與完善有兩條路徑可供選擇。一是修改《農村土地承包法》，將其定位為土地承包權的權利確認和權利保護的基本法律。二是修改《物權法》，明確土地承包權的含義、內容及其保護方法。因為土地承包權與農民集體所有權具有較為緊密的關聯性，因此《物權法》第59條和第63條等有關農民集體所有權的立法條款，為土地承包權的制度構建預留了一定的立法空間。第二，土地承包經營權的完善。就土地承包經營權的完善而言，土地承包權分置后立法須做好以下幾方面的工作。一是土地承包權分置之后該權利名稱的取舍問題。依“三權分離”理論和相關政策的規定，土地承包權從土地承包經營權之中分離后，余下的應該是“經營權”。但筆者認為，土地承包權分置后，用益物權在名稱上仍然沿用“土地承包經營權”較為妥當。其一，“土地承包經營權”這一術語已得到立法的確認;其二，采行“經營權”概念面臨一定障礙;其三，“經營權”概念缺乏法律依據。二是土地承包經營權去“身份性”的問題。土地承包權分置后，土地承包經營權應回歸于真正的用益物權。在立法上，應修改或刪除與身份性相關的有關條款，并根據用益物權的基本屬性對土地承包經營權進行制度重構。三是土地承包經營權的功能定位問題。土地承包經營權去“身份性”后，作為真正的用益物權，其制度設置應能充分體現“物盡其用”。因此，土地承包經營權的制度重構應重點考慮效率原則。其一，應將土地承包經營權不同的流轉方式在法條上分別加以界定，以實現其有序流轉;其二，應增設相關條款，以實現土地承包經營權的抵押、入股等政策目標。