在確定侵犯商業秘密的損害賠償額時，應當充分考慮以下各方面的因素：

1、商業秘密權利人的侵權行為而遭受的損失。這主要是權利人可計算的財產、收入方面的損失。包括：(1)研制開發成本，如花費的時間、金錢和付出的財力等;(2)現實利益損失，如生產成本的降低、銷售額的提高、利潤率的增加等;(3)將來可得利益的合理預期。

2、以侵權人因侵權行為獲得的利潤為賠償額。具體計算方式可以為：銷售量減少的數量乘以每件產品合理利潤的乘積;銷售減少的總數難以計算的，可以侵權人的產品在市場上銷售的總數乘以每件產品的合理利潤的乘積作為損失的賠償額。

3、未能確定權利人的損失或者侵權人所獲利潤的，可參照商業秘密許可使用或者花費的的合理費用來確定。當商業秘密權利人與他人曾簽訂商業秘密許可合同時，可采用此種方法計算賠償額，一般情況下，其許可費用是多少，可推定該數額為賠償數額。當然，在用該方法確定賠償數額時，應當綜合考慮侵權人的性質、情節以及商業秘密許可的性質、范圍、時間等因素，在不低于許可費用至該許可使用費的3倍幅度內確定。法院可以根據權利人的請求及具體的案情，將權利人為進行調查、制止侵權行為、聘請律師費等支付的合理費用計入損害賠償數額中。

4、定額賠償。定額賠償是由人民法院根據案件的具體情況酌情確定的賠償額。在知識產權案件中，經常會出現原告的損失和被告的獲利均無法查明的情況，根據《專利法》第六十五條規定：“權利人的損失、侵權人獲得的利益和專利許可使用費均難以確定的，人民法院可以根據專利權的類型、侵權行為的性質和情節等因素，確定給予一萬元以上一百萬元以下的賠償”。

對于上述損害賠償額的確定方法，一般按照以下先后順序予以采用：以權利人的實際損失或推定損失優先確定;不能確定的，可以采用侵權行為人的實際獲利或商業秘密許可使用費的方法確定;上述兩種方法均不能確定時，則考慮采用定額賠償的方法，根據商業秘密的類型、侵權行為的性質和情節等因素，確定給予侵權人1萬元以上100萬元以下的賠償，以切實保護商業秘密權利人的合法權益。

商業秘密賠償數額一般以己方受到的損失和侵權獲得的利益為計算依據。我國反不正當競爭法第二十條第一款規定，經營者違反本法規定，給被侵害的經營者造成損害的，應當承擔損害賠償責任，被侵害的經營者的損失難以計算的，賠償額為侵權人在侵權期間因侵權所獲得的利潤;并應當承擔被侵害的經營者因調查該經營者侵害其合法權益的不正當競爭行為所支付的合理費用。但這僅僅是原則性規定。最高法院和地方法院對此作出一些相應的司法解釋參考意見。目前普遍采納的辦法有：

(1)以被侵權人的利潤的減少作為賠償的金額;

(2)以侵權人在同等條件下獲得該商業秘密須付出的轉讓費作為賠償依據;

(3)以侵權人的侵權產品銷量乘以被侵權人在被侵權以前該產品的平均利潤作為賠償依據。

對于侵犯商業秘密的賠償數額我們可以從如下幾方面進行把握：

1、按照權利人因被侵權所受到的損失或者侵權人因侵權所獲得的利益確定賠償額。權利人因被侵權所受到的損失是指因侵權人的侵權行為，導致權利人的產品在市場上銷量下降，減少獲利的數額。具體以何種方式，權利人有權按照對自己最有利的方式進行選擇。計算方式為：可通過銷量減少的總數乘以每件產品的合理利潤之積計算;銷量減少的總數難以確定的，可以侵權人的產品在市場上銷售的總數乘以每件產品的合理利潤之積作為具體的賠償額。

2、在不能確定被侵權人損失或侵權人所獲利益的情況下，可參照商業秘密的許可使用費作為賠償數額。法院可根據商業秘密許可使用費數額、許可的性質(是獨占、排他還是普通等)、范圍以及侵權人侵權的性質和情節等因素綜合考慮，參照該許可使用費的1至3倍合理確定賠償數額;沒有商業秘密許可使用費可供參照或許可使用費明顯不合理的，法院可根據上述因素自由裁量，一般在人民幣5000元以上30萬以下確定賠償數額，最多不得超過人民幣50萬元。另外，法院可根據權利人的請求及具體的案情，將權利人為進行調查、制止侵權等所支付的合理費用計算在賠償范圍之內。

3、定額賠償。即法院根據案件的具體情況酌情確定賠償額。在知識產權侵權損害賠償中，經常出現權利人所受到的損失及侵權人獲利均無法查明的情況，司法實踐中即采取酌情賠償的方法來處理。根據最高人民法院《關于全國部分法院知識產權審判工作座談會紀要》：“由于侵犯商業秘密行為的損害賠償額可參照對于已查明被告構成侵權并造成原告損害，但原告損失額與被告獲利額等均不能確認的案件，可以采用定額賠償的辦法來確定損害賠償額。定額賠償的幅度，可掌握在5000元至30萬元之間，具體數額，由人民法院根據被侵害的知識產權的類型、評估價值、侵權持續的時間、權利人因侵權所受到的商譽損害等因素在定額賠償幅度內確定。”同時，由于侵犯商業秘密行為的損害賠償額，可參照確定侵犯專利權的損害賠償額的方法進行，而2008年修改的《專利法》已將侵犯專利權賠償數額確定為1萬元以上100萬元以下。故對于侵犯商業秘密的損害賠償也應是一般在5000元以上30萬元以下確定賠償數額，最多不得超過人民幣100萬元。

除此之外，當事人自愿協商賠償額也是實踐中常用的一種方式。民事權利作為一種私權，當事人完全有權決定自己權利的取舍。只要這種取舍不損害國家、社會或者第三人的合法權益即可。本案中，法院在確定具體賠償數額時，根據*公司因馬某和****權行為給其造成的損失，并參照***8公司獲得的利潤及**公司喪失銷售機會導致獲利減少、****公司在正常情形下的獲利狀況，以及項目實際完成所需除設備之外的購買配件、裝修、人工等較高的成本費用等綜合因素確定賠償數額，因此并無不當之處。