2、對證據(jù)不足的處理不夠完善。我國刑法所規(guī)定的告訴才處理的案件主要是侵犯個人利益而且被害人與侵害人往往具有特殊的人身關系，國家不主動對此類案件進行刑事追訴，主要是從尊重社會倫理及維護和諧的長幼、尊卑關系。但告訴才處理的自訴案件就其復雜程度，舉證的難易程度及社會危害性，并不一定比公訴案件簡單或輕微。如侵占罪的最高法定刑為有期徒刑五年，遠比一般輕傷害要重;虐待罪取證之困難也不比普通傷害罪容易。《解釋》第一條只規(guī)定了對第二類自訴案件證據(jù)不足，應移送公安機關，而對告訴才處理自訴案件，如果證據(jù)不足，自訴人本人無法補充的，沒有規(guī)定人民法院應移送公安機關，刑事訴訟法也沒有規(guī)定被害人對個人無法取證的告訴才處理的案件可以要求公安機關起動偵查程序，這不利于保護被害人合法權益。3、沒有對共同侵害人一并提起訴訟視為放棄告訴權利，是對自訴人權利的損害。我國刑事訴訟沒有缺席審判制度，如果共同侵害人部分在逃，那么自訴人只起訴沒有在逃的侵害人應當是允許的，但不能認為對在逃的同案人員放棄告訴權利。所以對共同侵害人不能不加區(qū)分地一概視為放棄告訴權利。對在逃無法提起自訴的，應保留其自訴權利。4、對第三類自訴案件的受理條件規(guī)定過于嚴格。司法實踐中，很多被害人有證據(jù)證明對被告人侵犯自己人身、財產(chǎn)權利的案件，公安機關或者人民檢察院既不立案也不向被害人出具不予追究的書面決定，造成被害人不能直接向人民法院起訴，不利于保護被害人的合法權益。5、公安機關發(fā)現(xiàn)自己立案偵查的刑事案件系告訴才處理的自訴案件，如何與被害人及法院銜接無明確規(guī)定。關于告訴才處理的自訴案件，公安機關先按公訴案件立案偵查后發(fā)現(xiàn)系自訴案件的如何處理?法律沒有明確規(guī)定。刑訴法第十五條只是規(guī)定，依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的，應當撤銷案件(偵查階段)。那么被害人已經(jīng)告訴，只是不屬公訴案件，在偵查階段是否應撤銷案件呢?在《公安機關辦理刑事案件程序規(guī)定》第一百六十八條規(guī)定的撤銷案件的情形中，沒有關于發(fā)現(xiàn)是自訴案件立為公訴案件的情形，并且在此條第(六)項兜底條款中，只是規(guī)定“其他依法不追究刑事責任的”，可以撤銷案件。而按照現(xiàn)行法律的規(guī)定，公安機關撤銷案件后，被羈押的嫌疑人應當立即釋放。實踐中，由于基層司法機關辦案經(jīng)費嚴重不足，一些長期在逃的犯罪嫌疑人一般都是由被害人提供線索和經(jīng)費才抓捕歸案的，如果公安機關發(fā)現(xiàn)系自訴案件撤銷案件立即釋放犯罪嫌疑人，而被害人向法院提起自訴時，犯罪嫌疑人已逃跑，將嚴重損害被害人的利益。