第一，被判處管制刑的罪犯并不當然地被剝奪政治權利。刑法第三十九條的規定與刑法第五十五條和其他法律的有關規定不一致。全國人大常委會1983年3月15日通過的《關于縣級以下人民代表大會直接選舉的若干規定》第五條第十二項規定：被判處、拘役、管制而沒有附加剝奪政治權利的，準予行使選舉權利，他們可以在流動票箱投票，或者委托有選舉權的親屬或者其他選民代為投票。由此可見，被判處管制的罪犯并不當然地被剝奪政治權利，而刑法第三十九條的規定卻無形之中給管制犯烙上了必然不能正常行使政治權利的印記。同時，刑法第五十五條規定：判處管制附加剝奪政治權利的，剝奪政治權利的期限與管制的期限相等，同時執行。因此，我國刑法立法的本意應是：管制犯是否被剝奪政治權利，審判機關在判決時就已經確定，刑法第三十九條的規定與第五十五條相抵觸。如果審判機關未附加剝奪政治權利，罪犯在管制期間不需執行機關批準就可以享有言論、出版、集會、結社、游行示威的權利。如果審判機關附加判處剝奪政治權利，則罪犯自然就不能夠享有政治權利，那么執行機關應遵照判決執行，不能以批準形式使罪犯有言論、出版、集會、結社、游行示威的權利。

第二，刑法第三十九條的規定與憲法的基本精神不符。我國憲法規定公民有參政議政和參加國家政治生活的民主權利，以及對國家重大問題享有表達個人見解和意愿，而不受政府非法限制的自由，公民的政治權利是公民的一項基本權利，非經法定程序，任何組織和個人不得隨意限制與剝奪。公安機關在案件偵查階段，對犯罪嫌疑人采取取保候審或監視居住等強制措施時，適當地限制犯罪嫌疑人的政治權利，是為了案件偵破工作的需要，是手段而不是目的。但在管制刑刑罰的執行階段中，現行刑法規定管制犯行使言論、出版、集會、結社、游行示威自由的權利必須經行使行政管理職能的執行機關(即公安機關)批準，事實上是由公安機關來決定管制犯是否享有上述政治權利，是一種變相的剝奪，這顯然與憲法的基本精神不符。筆者認為，應由審判機關即人民法院來行使這項權利。審判機關對罪犯作出判決管制刑主刑的同時，由其來作出是否附加判處剝奪政治權利，既與懲罰犯罪的實踐需要相適應，也與立法初衷相符，是順理成章的事情。

第三，該規定混淆了審判機關和執行機關的權限，具有很大的隨意性。刑法第三十九條的規定，造成司法實踐中，審判機關和執行機關均可對管制犯的政治權利的行使作出決定，形成權利主體的多元化，破壞了法制的統一和完整，影響了法律的嚴肅性，不僅與法學理論相矛盾，而且導致在適用法律時混亂局面的出現。并且由執行機關來批準有很大的隨意性，因標準不統一，且沒有嚴格的法律規定的程序，在同樣的情況下，有的罪犯的申請被批準，有的罪犯的申請卻沒有被批準，影響了刑罰執行的公正性，不利于平等的保護當事人的合法權益。這種情況實質上對于管制刑的適用有極大的危害性。程序是為實體而存在，是實體公正的保障，司法公正這個法律產品非經訴訟程序的各個環節的運作，就不具備法律意義上的公正。人們普遍接受這樣一個認識：對具體事件經過法定程序處理之后的結果，才是公正的。所以，剝奪政治權利的決定由審判機關在判決時作出，符合刑事訴訟法的訴訟理論，能夠確保準確有效的執行法律，實現司法公正。