具體地說，應該遵守以下原則：

1、民主議定原則和合法性原則。村民自治必須是真正的大多數村民的集體意志，而不是某個人或某些少數人的意志，且該意志不能違反法律的強制性規定。《中華人民共和國村民委員會組織法》第二十七規定：“村民自治章程、村規民約以及村民會議或者村民代表會議討論決定的事項不得與憲法、法律、法規和國家的政策相抵觸，不得有侵犯村民的人身權利、民主權利和合法財產權利的內容”。一些農村部分村民的土地收益權得不到保護，與人們對村民自治的模糊認識有很大的關系，其所依仗的就是村民自治制度所賦予的一些權力，其實這是對村民自治權力的濫用。在一個民主和法治的國家，任何形式的自治都不能同國家的依法行政相違抗，任何形式的自治章程都不能同國家的法律相抵觸，任何形式的社區民主決定都不能損害公民的基本權利。因此，那些同國家法律、法規和國家政策相抵觸的自治章程、村規民約以及村民民主決定都是自然無效的。村民自治必須在民主和法治的軌道上才能獲得健康發展，必須做到既要充分發揚民主又要遵守法律。

2、平等原則。在進行征地補償款分配中，要充分保障每個集體經濟組織成員或村民享有平等的待遇，正確地處理利益關系。之所以會出現剝奪少數成員或村民征地補償款分配的收益權，主要受經濟利益驅動的影響，農村集體經濟組織每次的收益和征地款分配總量是恒定的，為了更多的分配集體收益，惟有通過減少應分款人數來實現多數村民的最大利益化，因此，公正、公平地分配征地款是保障每個成員或村民享有土地收益權的前提。

3、權利、義務相一致原則。集體成員在享有分配利益的同時要考慮其對集體所盡義務的大小，做到權利與義務相一致，公平合理地分配征地款。

在明確了農村征地補償款分配的受益主體和農村征地補償款分配糾紛的處理原則后，對當前農村征地補償款分配中存在的突出問題應合理的予以解決：

1、關于嫁城女及所生子女的問題。與城鎮職工、居民結婚的農村婦女(嫁城姑娘)，由于政策規定不能到男方落戶的，且居住地也未遷離、享有地權的，應當保證其享有村民同等待遇。其所生子女是農村戶口的，屬有地權主體，應與其母等額分配。

2、關于入贅婿的問題。對于入贅婿及其所帶的子女，只要戶口已遷入，且居住在當地，其遷出地已不享有地權的，應保證其享有村民同等待遇。

3、關于離婚或喪偶的婦女的問題。婦女離婚或喪偶后仍在原居住地生活，戶籍仍在當地，且原居住地村(組)保留其原有地權的，應與本村村民等額分配土地收益;若不在原居住地生活、其新居住地地權尚未落實的，原居住地所在村(組)應保留其地權，并與村民等額分配收益。

4、關于農村五保戶收養子女的問題。對依據《收養法》辦理了相關手續，已在當地村組落戶的養子女，也應與村民等額分配。

5、關于農業戶口入學的大、中專在校學生的問題。農業戶口入學的大、中專學生以及畢業后未就業前，因就學已將戶口從農村遷出，但從經濟來源看，家鄉地權仍是他們主要的依賴條件，為確保學生能完成學業，可當有地權看待，應與村民等額分配或適當分配。

6、關于進城打工人員的問題。進城打工人員，戶籍仍在當地，仍依附于村集體土地，而不是對地權的放棄，打工是為了掙錢彌補生產和生活所需，不能取消村民待遇，必須與本村村民等額分配。

7、關于超生子女的問題。對于違反了國家計劃生育政策生育的子女，如已接受處罰，并已執行到位、戶口已登記的，應當給予地權，與村民等額分配

8、關于服現役的義務兵的問題。凡農業戶口的服現役的義務兵，不能停止其受益分配;如在部隊一旦提干或轉志愿兵，有了固定工資，應停止其受益分配。

土地征收補償款分配中有問題，應該要咨詢律霸網在線律師。