下面這幾種情形下，用人單位從員工的工資中進行扣發(fā)是合法的：

1、代扣個人所得稅;

2、代繳社會保險的個人繳費部分和住房公積金的個人繳費部分;

3、協(xié)助執(zhí)行法院判決、裁定，及其它生效的法律文書;

4、抵扣用人單位的損失。按《工資支付暫行規(guī)定》第16條的規(guī)定，因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除，需要注意的是，這種情況下的扣發(fā)，有兩個限制，一是每月扣除的部分不能超過勞動者當月工資的20%;二是扣除后剩余的工資不能低于當地的最低工資，若低于最低工資標準，則按最低工資標準支付。當然，對于勞動者給用人單位造成損失的，也可以選擇讓勞動者另行一次性賠償單位損失，但從工資中直接扣發(fā)的話，不能違反上述規(guī)定。

在勞動者有缺勤的情況下，如病假或事假，用人單位按照法律規(guī)定和規(guī)章制度規(guī)定，對缺勤期間的工資另行計算，比正常上班工資要低，這不是扣發(fā)，而是缺勤期間本來就該少拿或不拿工資，是合法的。

用人單位在規(guī)章制度中規(guī)定，如果勞動者違反規(guī)章制度，就要進行經濟性的處罰，扣工資或者罰款，這是否合法呢?簡釋如下：

1、原《企業(yè)職工獎懲條例》規(guī)定了企業(yè)對違紀職工有一定的處罰權利，但現在《企業(yè)職工獎懲條例》已經失效，目前就全國層面而言，沒有法律法規(guī)對用人單位的處罰權明文禁止，也沒有明文許可;

2、某些地方規(guī)定，如深圳，認可用人單位可根據有效的規(guī)章制度對員工進行一定的經濟處罰;

3、如果沒有地方規(guī)定，實務中一般也認為，依據規(guī)章制度對員工的違紀行為進行一定的經濟處罰，從工資中扣款，是不違法的。當然，處罰金額應該合理，且用人單位應證明，員工確實有違紀行為;

4、從風險防范的角度來看，我們還是建議用人單位最好不要采取對員工的處罰措施，而改成浮動工資的辦法。如設立全勤獎金，將考勤與全勤獎金聯(lián)系起來;設立績效獎金，將員工的表現與績效獎金掛鉤。這樣雖然不是罰款，但同樣能達到罰款的法律效果，而且是合法有效的。

所謂沒有規(guī)矩不成方圓。用人單位可以通過制定合理合法的企業(yè)制度來規(guī)范所屬的勞動者，但是卻不能任意制定一些苛刻的條文來“剝削”廣大勞動者。同時勞動者們也應該注意，時刻遵守企業(yè)規(guī)章制度。