一、實行衛生工作全行業管理。　衛生行政部門要轉變職能，政事分開，打破醫療機構的行政隸屬關系和所有制界限，積極實施區域衛生規劃，用法律、行政、經濟等手段加強宏觀管理，并逐步實行衛生工作全行業管理。完善有關規章制度，健全醫療服務技術規范。合理劃分衛生監督和衛生技術服務的職責，理順和完善衛生監督體制，依法行使衛生行政監督職責。禁止各種非法行醫。
　　有關部門要建立和完善醫療機構、從業人員、醫療技術應用、大型醫療設備等醫療服務要素的準入制度。

　二、建立新的醫療機構分類管理制度。　將醫療機構分為非營利性和營利性兩類進行管理。國家根據醫療機構的性質、社會功能及其承擔的任務，制定并實施不同的財稅、價格政策。非營利性醫療機構在醫療服務體系中占主導地位，享受相應的稅收優惠政策。政府舉辦的非營利性醫療機構由同級財政給予合理補助，并按扣除財政補助和藥品差價收入后的成本制定醫療服務價格；其他非營利性醫療機構不享受政府補助，醫療服務價格執行政府指導價。衛生、財政等部門要加強對非營利性醫療機構的財務監督管理。營利性醫療機構醫療服務價格放開，依法自主經營，照章納稅。

　三、建立健全社區衛生服務組織、綜合醫院和專科醫院合理分工的醫療服務體系。　社區衛生服務組織主要從事預防、保健、健康教育、計劃生育和常見病、多發病、診斷明確的慢性病的治療和康復；綜合醫院和專科醫院主要從事疾病診治，其中大型醫院主要從事急危重癥、疑難病癥的診療，并結合臨床開展教育、科研工作。要形成規范的社區衛生服務組織和綜合醫院、專科醫院雙向轉診制度。保障廣大群眾對醫療服務的選擇權，職工可以選擇基本醫療保險定點醫療機構就醫、購藥，也可持醫生開具的處方選擇基本醫療保險定點藥店購藥。位于城市的企業醫療機構要逐步移交地方政府統籌管理，納入城鎮醫療服務體系。

　四、加強衛生資源配置宏觀管理。　加快實施區域衛生規劃，采取多種措施調整和控制衛生資源的存量和增量。衛生資源已經供大于求的地區，不再新建或擴建醫療機構；減少過多的床位，一部分可轉向護理、康復服務；調整衛生技術人員結構，引導富余人員向基層、社區衛生服務組織、衛生執法監督機構和醫療服務薄弱的地區流動；開展業務培訓，提高人員素質，培養全科醫生；嚴格審批大型醫療設備配置，調整現有設備分布，提高使用效率；對醫療服務量長期不足，難以正常運轉的醫療機構，引導其拓展老年護理等服務領域，或通過兼并、撤銷等方式進行調整。鼓勵各類醫療機構合作、合并，共建醫療服務集團。

　五、改革預防保健體系。　堅持預防為主的方針，建立綜合性預防保健體系，負責公共衛生、疾病預防、控制和保健領域的業務技術指導任務，并提供技術咨詢和調查處理傳染病流行、中毒等公共衛生突發事件。醫療機構要密切結合自身業務積極開展預防保健工作，要發揮社區衛生服務組織開展預防、保健、健康教育和心理咨詢方面的作用。

　六、轉變公立醫療機構運行機制。　擴大公立醫療機構的運營自主權，實行公立醫療機構的自主管理，建立健全內部激勵機制與約束機制。根據任職標準，采用公開競爭、擇優聘任為主的多種形式任用醫院院長，實行院長任期目標責任制。建立以崗位責任制為中心的各項內部規章制度，嚴格執行醫療技術服務標準，規范醫療行為，保證醫療服務質量。
　　加強醫療機構的經濟管理，進行成本核算，有效利用人力、物力、財力等資源，提高效率、降低成本。實行醫院后勤服務社會化，凡社會能有效提供的后勤保障，都應逐步交由社會去辦，也可通過醫院聯合，組建社會化的后勤服務集團。
　　深化醫療機構人事制度和分配制度改革。按照精簡、效能的原則定編定崗，公開崗位標準，鼓勵員工競爭，實行雙向選擇，逐級聘用并簽訂合同。嚴格執行內部考核制度和患者反饋制度，員工收入要與技術水平、服務態度、勞動貢獻等掛鉤。醫療機構也應減人增效，轉崗人員的待遇及再就業工作按照國家有關規定執行。

　七、實行醫藥分開核算、分別管理。　解決當前存在的以藥養醫問題，必須切斷醫療機構和藥品營銷之間的直接經濟利益聯系。要在逐步規范財政補助方式和調整醫療服務價格的基礎上，把醫院的門診藥房改為藥品零售企業，獨立核算、照章納稅。可先對醫院藥品收入實行收支兩條線管理，藥品收支結余全部上繳衛生行政部門，納入財政專戶管理，合理退還，主要用于彌補醫療成本以及社區衛生服務、預防保健等其他衛生事業，各級財政、衛生行政部門不得扣留或挪作他用。各地區要選擇若干所醫院積極進行門診藥房改為藥品零售企業的試點，取得經驗后普遍推開。
　　社區衛生服務組織、門診部及個體診所除可經銷由省級衛生、藥品監管部門審定的常用和急救用藥外，不得從事藥品購銷活動。

　八、規范財政補助范圍和方式。　按照公共財政和分級財政體制的要求，各級人民政府要規范對醫療機構的財政補助辦法。對醫療機構以及其他衛生機構的補助項目主要包括衛生執法監督和預防保健等公共衛生服務、重要醫學科研、基本醫療服務、符合區域衛生規劃的基本建設和設備購置等。財政對大中型醫療機構以定項補助為主，主要包括事業單位養老保險制度改革前離退休人員的離退休費用、重點學科研究、醫院發展建設支出和所提供的基本醫療服務項目等；對基層醫療機構以定額補助為主，主要包括其承擔的社區衛生服務、預防保健等任務。疾病控制和婦幼保健機構的收入上繳財政專戶，實行收支兩條線管理，同級財政按照其承擔的責任和提供公共衛生服務的數量和質量給予補助。衛生執法監督收入納入財政預算管理，所需經費由財政預算安排。

　九、調整醫療服務價格。　對非營利性醫療機構的收入實行總量控制，結構調整。在總量控制幅度內，綜合考慮醫療成本、財政補助和藥品收入等因素，調整不合理的醫療服務價格，體現醫務人員的技術勞務價值。增設或調整診療費、護理費、掛號費；適當提高手術費、床位費等；降低過高的大型醫療設備檢查費；適度放寬特需醫療服務價格。要拉開不同級別醫療機構的醫療服務價格檔次，引導患者合理分流。在調整醫療服務價格時，要考慮社區衛生服務組織的特點，并適當提高中醫、民族醫的技術服務價格，促進社區衛生服務組織和中醫、民族醫的發展。

　十、加大藥品生產結構調整力度。　按照國家產業政策和醫藥行業發展規劃，嚴格藥品生產企業準入條件，控制新增生產加工能力，制止低水平重復建設，不得增加供過于求的產品的布點。按照劑型類別，分階段限期推行《藥品生產企業質量管理規范》（英文縮寫ＧＭＰ），限期過后仍達不到規范要求的不準生產。建立科學的新藥審評機制，降低新藥研制和審批管理成本，鼓勵藥品生產企業增加科技投入，開發新產品和特色產品，積極發展“生產、教學、科研”一體化的大型經濟實體。

　十一、推進藥品流通體制改革，整頓藥品流通秩序。　鼓勵藥品生產經營企業打破地區、行業、部門界限和所有制界限，以產權、產品、市場網絡為紐帶，組建規模化和規范化的公司，建立商貿、工貿或科工貿結合的大型企業集團。鼓勵大型批發企業跨地區兼并市、縣級批發企業，將市、縣級批發企業改組為區域性基層配送中心。推動藥品零售業的連鎖化經營，促進連鎖藥店、普通超市非處方藥柜臺及獨立門點等多種零售形式的發展。近期暫停審批和登記新設藥品批發企業。
　　規范醫療機構購藥行為。由衛生部牽頭，國家經貿委、藥品監管局參加，根據《中華人民共和國招投標法》進行藥品集中招標采購工作試點，對招標、投標和開標、評標、中標以及相關的法律責任籌進行探索，提出規范藥品集中招標采購的具體辦法。醫療機構是招標采購的行為主體，可委托招標代理機構開展招標采購，具有編制招標文件和組織評標能力的也可自行組織招標采購。招標代理機構經藥品監管部門會同衛生部門認定，與行政機關不得存在隸屬關系或其他利益關系。集中招標采購必須堅持公開、公平競爭的原則。衛生、藥品監管部門要加強對集中招標采購中介組織的監督，招標采購藥品的實際價格應報當地物價部門備案。在藥品購銷活動中，要積極利用現代電子信息網絡技術，提高效率，降低藥品流通費用。

　十二、加強藥品執法監督管理。　要對藥品的研制、生產、流通、使用全過程依法實行監督，對藥品批發、零售企業分類監管，保證用藥安全有效。加強《藥品經營質量管理規范》（英文縮寫ＧＳＰ）的監督實施，現有企業要按管理規范限期整改，整改后仍達不到要求的，不予換發新證。嚴格核發《藥品經營企業許可證》和《醫療器械經營企業許可證》。完善質量公告制度，改革藥品抽驗機制，嚴格處罰程序。加大執法力度，打擊制售假劣藥品和無證生產、經營藥品的違法行為。取締藥品集貿市場，整頓中藥材專業市場。加強對進口藥品的管理。

　十三、調整藥品價格。　基本醫療保險用藥目錄中的藥品、預防用藥、必要的兒科用藥、壟斷經營的特殊藥品實行政府指導價或政府定價，有條件的可以制定全國統一零售價，其他藥品價格由生產企業按照國家規定的作價辦法自主定價。要引入市場機制，降低“虛高”價格。經過試點，逐步實施由生產企業將零售價格印制在藥品外包裝上的辦法。在藥品經銷各環節，都必須按實際價格開具發票。

　十四、加強組織領導。　城鎮醫藥衛生體制改革關系群眾身體健康，涉及多方面利益調整，與建立城鎮職工基本醫療保險制度密切相關，是一項十分重要又相當復雜的工作。各省、自治區、直轄市人民政府對此要高度重視并列入重要議事日程，切實加強領導，根據本指導意見負責組織實施。要按照指導意見提出的原則要求，統一思想，提高認識，從本地區實際出發，結合城鎮職工基本醫療保險制度改革，制定具體實施方案并做好思想政治工作，調動廣大醫藥衛生工作者的積極性，精心組織，積極穩妥推進。國務院有關部門要加強指導，力爭在二三年內，初步建立起適應社會主義市場經濟要求的城鎮醫藥衛生體制與服務體系。