(一)代開(kāi)運(yùn)輸發(fā)票抵扣問(wèn)題。

新規(guī)定不僅規(guī)定了運(yùn)輸單位提供貨物運(yùn)輸勞務(wù)自行開(kāi)具的運(yùn)輸發(fā)票允許抵扣，同時(shí)明確運(yùn)輸單位主管地方稅務(wù)局及省級(jí)地方稅務(wù)局批準(zhǔn)的中介機(jī)構(gòu)，為運(yùn)輸單位和個(gè)人代開(kāi)的運(yùn)輸發(fā)票，可以進(jìn)行增值稅抵扣，比現(xiàn)行規(guī)定國(guó)營(yíng)、非國(guó)有承運(yùn)單位的范圍要寬，解決了執(zhí)行中其他單位代開(kāi)具運(yùn)輸發(fā)票是否可以申報(bào)抵扣的問(wèn)題。

(二)貨運(yùn)發(fā)票票面要求。

增值稅一般納稅人2003年11月1日起取得的貨物運(yùn)輸發(fā)票，票面項(xiàng)目必須填寫(xiě)齊全，特別明確要填有購(gòu)貨方的名稱和購(gòu)貨方納稅人識(shí)別號(hào)，否則視作不規(guī)范發(fā)票。這源自《貨物運(yùn)輸業(yè)營(yíng)業(yè)稅征收管理試行辦法》中運(yùn)輸發(fā)票填寫(xiě)要求規(guī)定，自開(kāi)票納稅人和代開(kāi)票單位必須按照規(guī)定逐欄、如實(shí)填開(kāi)貨物運(yùn)輸發(fā)票，凡開(kāi)具給增值稅一般納稅人的貨物運(yùn)輸發(fā)票，必須填寫(xiě)該納稅人的名稱和納稅人識(shí)別號(hào)，它是運(yùn)輸發(fā)票人工采集、網(wǎng)絡(luò)傳輸、電腦比對(duì)的重要要素。

(三)人工采集《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》信息及報(bào)送。

納稅人取得需要計(jì)算抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的運(yùn)輸發(fā)票，必須逐票填寫(xiě)《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》，同時(shí)采用國(guó)家稅務(wù)總局統(tǒng)一開(kāi)發(fā)并免費(fèi)提供使用的“貨物運(yùn)輸發(fā)票信息采集軟件(一般納稅人版)【納稅人可從國(guó)家稅務(wù)總局網(wǎng)站】

(四)“自開(kāi)票之日起90天”的抵扣時(shí)間。

納稅人取得的2003年10月31日以后開(kāi)具的運(yùn)輸發(fā)票，從自開(kāi)票之日起90天內(nèi)向主管國(guó)家稅務(wù)局申報(bào)抵扣，超過(guò)90天的不得予以抵扣。該“90天”指公歷日期90天(3個(gè)月時(shí)間)，與增值稅防偽稅控專用發(fā)票認(rèn)證時(shí)間相同。納稅人取得的2003年10月31日以前開(kāi)具的運(yùn)輸發(fā)票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再抵扣。在辦理申報(bào)抵扣時(shí)，必須報(bào)送《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》。由此可見(jiàn)，運(yùn)輸發(fā)票增值稅抵扣允許在一定時(shí)間內(nèi)采用先抵扣后比對(duì)，不再執(zhí)行工業(yè)生產(chǎn)企業(yè)購(gòu)進(jìn)貨物是否已入庫(kù)，商業(yè)企業(yè)是否已付款的規(guī)定。

(五)《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》與納稅申報(bào)資料的相關(guān)關(guān)系。

填寫(xiě)或?qū)徍藭r(shí)要注意《增值稅運(yùn)輸發(fā)票抵扣清單》中的“合計(jì)”欄“允許計(jì)算抵扣的運(yùn)費(fèi)金額、計(jì)算抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額”項(xiàng)數(shù)據(jù)必須與《增值稅納稅申報(bào)表附列資料(表二)》中第8欄“7%扣除率”的“金額、稅額”項(xiàng)數(shù)據(jù)保持一致。

(六)法律責(zé)任。

從2003年12月1日起，國(guó)家稅務(wù)局對(duì)增值稅一般納稅人申請(qǐng)抵扣的所有運(yùn)輸發(fā)票與營(yíng)業(yè)稅納稅人開(kāi)具的貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票進(jìn)行比對(duì)。比對(duì)不符的，一律不予抵扣。對(duì)比對(duì)異常情況由稽查部門進(jìn)行稽查，經(jīng)查實(shí)確有問(wèn)題的，由主管稅務(wù)局追回已抵扣稅款，并按《中華人民共和國(guó)稅收征收管理法》等有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處罰。

(七)統(tǒng)一規(guī)范的運(yùn)輸發(fā)票樣式和內(nèi)容。

這次《貨物運(yùn)輸業(yè)營(yíng)業(yè)稅征收管理試行辦法》規(guī)定了貨物公路、內(nèi)河運(yùn)輸發(fā)票在全國(guó)范圍統(tǒng)一樣式和內(nèi)容，規(guī)定貨物公路、內(nèi)河運(yùn)輸企業(yè)必須使用全國(guó)統(tǒng)一的運(yùn)輸發(fā)票(具體啟用時(shí)間待定)，并規(guī)定了鐵路運(yùn)輸、航空運(yùn)輸、海洋運(yùn)輸?shù)呢浳镞\(yùn)輸業(yè)發(fā)票的格式和內(nèi)容。也即是說(shuō)，增值稅一般納稅人即將取得全國(guó)規(guī)范的運(yùn)輸發(fā)票，長(zhǎng)期以來(lái)各地貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票存在的名稱、格式、項(xiàng)目五花八門，運(yùn)輸費(fèi)用與其他雜費(fèi)難于劃分的問(wèn)題將有望得到解決。

(八)新規(guī)定適用于提供公路、內(nèi)河運(yùn)輸勞務(wù)的運(yùn)輸單位自行開(kāi)具的運(yùn)輸發(fā)票、運(yùn)輸單位主管地方稅務(wù)局及省級(jí)地方稅務(wù)局委托的代開(kāi)發(fā)票。

中介機(jī)構(gòu)為運(yùn)輸單位和個(gè)人代開(kāi)的運(yùn)輸發(fā)票計(jì)算申報(bào)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額，增值稅一般納稅人購(gòu)進(jìn)貨物取得的防偽稅控專用發(fā)票票面列有運(yùn)輸費(fèi)用的，按照防偽稅控增值稅專用發(fā)票抵扣有關(guān)規(guī)定辦理。