一、現(xiàn)行職能管轄立法規(guī)定及其缺陷

修訂后的刑事訴訟法在職能管轄問題上作了一定的調(diào)整，突出了檢察機(jī)關(guān)在查處國家(機(jī)關(guān))工作人員職務(wù)犯罪的重點(diǎn)，但是，由于主體身份細(xì)分以及犯罪事實(shí)多樣化、復(fù)雜化，由此帶來的職能管轄異議也更加突出，在某些具體罪名的分工上，甚至還沒有原有規(guī)定容易區(qū)分。現(xiàn)行職能管轄立法存在的主要缺陷包括:

第一，《刑事訴訟法》與其它法律規(guī)定的不一致。如《刑事訴訟法》第18條第二款將“國家工作人員的瀆職犯罪”確定為檢察機(jī)關(guān)管轄，而《刑法》第九章所規(guī)定的瀆職罪僅限于國家機(jī)關(guān)工作人員，即瀆職罪的主體范圍，刑事訴訟法規(guī)定的寬，刑法規(guī)定的窄。《刑事訴訟法》確定的國家工作人員瀆職犯罪既包括《刑法》第九章中國家機(jī)關(guān)工作人員瀆職罪，也包括《刑法》其他章節(jié)中國家機(jī)關(guān)工作人員以外的國家工作人員瀆職罪，如《刑法》第165條非法經(jīng)營同類營業(yè)罪，第166條為親友非法牟利罪，第167條簽訂、履行合同失職被騙罪等。按理，當(dāng)刑事訴訟法與刑法在瀆職罪的主體上不一致時(shí)，也應(yīng)當(dāng)按刑事訴訟法來確定管轄。但是“六部門聯(lián)合規(guī)定”第2條卻規(guī)定:“刑事訴訟法規(guī)定人民檢察院管轄'國家工作人員的瀆職犯罪'案件，修訂后的刑法已將瀆職罪的主體修改為國家機(jī)關(guān)工作人員。根據(jù)這一修改，人民檢察院管轄的'瀆職犯罪'是指刑法分則第九章規(guī)定的瀆職罪??刑法分則第三章破壞社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)秩序罪中規(guī)定的犯罪由公安機(jī)關(guān)管轄。”由此可見，“六部門聯(lián)合規(guī)定”是以《刑法》來修改《刑事訴訟法》，按《刑法》的規(guī)定來劃分管轄的，其科學(xué)性值得研究。

還有，現(xiàn)行《刑事訴訟法》第18條規(guī)定了檢察機(jī)關(guān)管轄的自然人犯罪，但并未對(duì)單位犯罪的職能管轄作出特別的規(guī)定，因?yàn)椤缎淌略V訟法》先于《刑法》修訂，而單位犯罪是1997年《刑法》新增加的一個(gè)規(guī)定，這樣，造成我國現(xiàn)行《刑法》貪污賄賂罪中的五種單位犯罪———單位受賄罪、對(duì)單位行賄罪、單位行賄罪、集體私分國有資產(chǎn)罪和集體私分罰沒款物罪的管轄不明。

此外，根據(jù)《刑法》第98條規(guī)定，告訴才處理的案件，如果被害人受強(qiáng)制、威嚇無法告訴的，人民檢察院和被害人的近親屬也可以告訴。但是，在《刑事訴訟法》及“兩院”的訴訟規(guī)則中，則均沒有人民檢察院代為告訴的規(guī)定。《刑事訴訟法》還有關(guān)于“反革命案件”的規(guī)定，而《刑法》已沒有此罪名了。

第二，《刑事訴訟法》內(nèi)部條文間的矛盾。主要表現(xiàn)在: